mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCCTGGGTACCATCCTCCATA AAGAGGATGTTAACGGTCTA AAGTCTCTGTCACACACTCTAGCCTGGGTACCATCCTCCATAGTAAGCTCAGCTGGCTCAATCTTTTCATAAATAGCAACCGAAAAGATTGAGCCAGCAATTGCTAAAGAGGATGTTAACGGTCTACGGTGACCATGTGTCTAC CACTTTGACTCTGCCTTTATGGAGCCATTTTCCTGGAGTAACATACAACAAACAGCCACAACGAGACGTCATCAAAGTCCTGCCACCAACAACGTTTTAACGACACGGAAATAATAAATAAAAAACCTTCACCATCTCTGCATGTAGAAACATAGAAATCTCTTAAGTCTAGCATCATCCTGATAAAACTCAATTTTCAGTGTGACTTCTCCATTGGGAGTCACAACAACATGCCAACCGCAACACAATCAACAATTAACATCTGGGTGGGGAGAAACAGGAGATACATGATCTGCCGGGGAAAGAAAAGGAAATAAAGATAGGGTAGAACGTAGAAAGAACATTGCAGGTACCGGTAAAACAATGGTGAAACAATATTGGTAGGCCACAAAACATGGTAAAGTCTCTGTCACACACTCTAGCCTGGGTACCATCCTCCATAGTAAGCTCAGCTGGCTCAATCTTTTCATAAATAGCAACCGAAAAGATTGAGCCAGCAATTGCTAAAGAGGATGTTAACGGTCTACGGTGACCATGTGTCTACTATGACCATTTACCTTCATAGATTTGACTGTAGGTTCCATAGGTATAATGCCAACCATCATCATTCTGTGGGTACCTTAAAACCGCCACCTCAAAAACCAGGGTTATCGAGGCCTTGTCATTGCACGTCTTTAACACCTGGATGTCTGAAGTGTGCATATGTCAGGGATCACCAACGCTGCATT 5 1 5' arm Branchiostoma_floridae mirnest 100 100 -51.3 ..........((((((((.(((.(((..((.(((((((..((((((.....(((((((((((((((((.............)))))))))))))))))..))))))..))))))).)).))).))).))))....))))..... (-51.3)