mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCGGCTGCATACAAATTTC AATTTGTAGGGAGTTGGAACG ATATACGATATAGTTCAGTTTTACTATGTGCTTAGTGCGAGTTTTTTTAACGTTCACGATAGCGTAAAAGTCAAATTTGTAGGGAGTTGGAACGTTTGCCTATGTTTGCCGCTAGGGGGCACTGTTCCGGCTGCATACAAATTTCAGGTAACTTTTACGCTATCGAGGACGTTAAAAAACTCACACTAAGCACACTGATGGTAAGGCGTCTTGCG ATAAGATTCATGGAAATAAATGTACAATGGTGGCACTTCACTTGGCGTAGCATCTGCCAGTAGGTACAAGGTCAGATATTTGTTGTATTCACAAACGCTTCGTCCACACAAATTTAAAAGGCAAAAGGCCTTCCAAAGCTCTTGCAGTTGCAATTATTATCTACAGTTAACCAAAAAGGACTGTTATTTGCATTATTTACCATTAAACATTAACTACTGCTTCTCAGCTCATCTCTGTTTTAGGCATCAAAGCAAATATACAAATACGCAAACCCAAGTACCAGCATACGCAACAAATAAGTTATTCAACAAGACCACCTATATGTATACCATGAGGGTCATTAAAAGCAACACATCTTTAGTCTACGACAGTAGGTATGGCCAAATTGTGCCTTATTACGAATACGCACATTGCAATATACGATATAGTTCAGTTTTACTATGTGCTTAGTGCGAGTTTTTTTAACGTTCACGATAGCGTAAAAGTCAAATTTGTAGGGAGTTGGAACGTTTGCCTATGTTTGCCGCTAGGGGGCACTGTTCCGGCTGCATACAAATTTCAGGTAACTTTTACGCTATCGAGGACGTTAAAAAACTCACACTAAGCACACTGATGGTAAGGCGTCTTGCGAGCTCGCCCGGGTTGATTTCGCCGTCCTACTTATTTCTGCGCCTGCGCATCCCAAATGTCTCGAAGGGAGTAGCGGTATACACATTTCCCGGGTCTACAGACTACAGTAA 4 0 3' arm Bombyx_mori mirnest mir-2807 1e-30 bmo-mir-2807a-2 1e-33 -85.7 ......((......)).((((((((((((((((((((.(((((((((.(((((((.(((((((((((((((.(((((((((...((((((((((..(((((..((.....))....))))).))))))))))...)))))))))......))))))))))))))).)))))))))))))))).)))))))))))....)))))))))........ (-85.7)