mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAACTGCATACAAAATTGGGT TCATATTTGTATGGAATGGG GCTGTGTACAGTGTGAGAGTTTTTTAACGTTATCGATAGCGTAAAAGTTAGCTCATATTTGTATGGAATGGGATAGTTTGCCTACGTTTGCCGCTAGGGGCGCTGTTCCAACTGCATACAAAATTGGGTTAACTTTTACGATATCGAGACCGTTAAGAACTCGCACTAAGCACTCTGA CGAATTCGCAAGCTGTAAGTTACATATTGGAATGGTTACAAATAATTAGTAAATCCGAGACTGAATCGTAAAAGTTGTTTTAATTTGTCTACGACTCGGAAAAACCGAAAATAAGTAAATCGTATTAACAAATTATTACAATAAATATTAGATTAAAAAATACACAGATTAGTTAATATTAGAATGTCCGTTTGAGTTTCATTGAAATAGCTGTGTACAGTGTGAGAGTTTTTTAACGTTATCGATAGCGTAAAAGTTAGCTCATATTTGTATGGAATGGGATAGTTTGCCTACGTTTGCCGCTAGGGGCGCTGTTCCAACTGCATACAAAATTGGGTTAACTTTTACGATATCGAGACCGTTAAGAACTCGCACTAAGCACTCTGAACTGTTTTTTAGTATACATAATTAGTACAACGCCTTACTAGTCGTTTTGGAGTTTATAAAGCATTAAAATATATTTATC 5 1 3' arm Bombyx_mori mirnest mir-2807 4e-45 bmo-mir-2807d 1e-29 -69.1 ...((((..((((((((...(((((((((...((((((.((((((((((((((((..((((((((...(((((((((..((((..((.....))...)))))))))))))....))))))))..)))))))))))))))).))))))...)))))))))))))))))..))))..... (-69.1)