mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAACTGCATACAAAATTGGGT TCATATTTGTATGGAATGGG ATACGTGTATTAGTGCGAGTTTTTTAACTTTCTCGATAGCGTAAAAGTTAGCTCATATTTGTATGGAATGGGATCGTTTGCGTAGGTTTGCCGCTAAGGGCGCTATTCCAACTGCATACAAAATTGGGTTAACTTTTACGCTATCGAGAACGTTAAGAAACTCGCACTAAGCACACCA AGACACCTCAGTATGAAGAAGACTATTAGGAAAAAGATAATGCGCGACCTTCAGCAAGCGTTCGTTGAAGACCCAAACGAGTTTAAGGTCGAGAATACGAGCCCTGAGAAATTGAAGGCAGAACTGAGCGCTGAAGCTGTTAAAATCGAGAAGAACGTCCGCAAGAACGATCCGACGTTCTTGGACATGTTGAGGGGAGAGACGCGGACCGAGGAGACCAGGGAGGAGCAGCCACCCGCTGAGAAGACCAGCTTCTGGCGACGTCTAACTATGAAGAAATAAAACAAGAGATAAAAATGAGGACTAATGCCGTGTATACGTGTATTAGTGCGAGTTTTTTAACTTTCTCGATAGCGTAAAAGTTAGCTCATATTTGTATGGAATGGGATCGTTTGCGTAGGTTTGCCGCTAAGGGCGCTATTCCAACTGCATACAAAATTGGGTTAACTTTTACGCTATCGAGAACGTTAAGAAACTCGCACTAAGCACACCAGGTCGCTCTTTCATAAGTCCGTTTTCCTATCGCATATCAATTGTTTATCATCAAACCTTTTAATAATCCTCTATACAAGATAGGTTCTGTTTCGAACTCCTAAAGTTATTCTAACGAACTGGGCTTGGAAAGTTCCTGCAAGTGTTATTGGAAGTCACGGCCAAGGACCACTTAATTTTTTCCGGGTTCCCGATTTTTTGGAAACCTAAAAAAAC 5 1 3' arm Bombyx_mori mirnest mir-2807 2e-41 bmo-mir-2807d 2e-37 -85.4 ....((((.(((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((..((((((((...((((((.....((((.(((.....)))....)))).))))))....))))))))..)))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))..)))).. (-85.4)