mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGAGAGCTATCCGTCGACAG GTCATGGAGTTGCTCTCTTTA GAATCAGATATTCTGTTAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTATTGCTGATAAACACTGTCATGGAGTTGCTCTCTTTATGAACGGATGCAGGCTCG CGAATCAGATATTCTGTTAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTATTGCTGATAAACACTGTCATGGAGTTGCTCTCTTTATGAACGGATGCAGGCTCGACCGAAGAAAACACCCAGAAGAAATTAACGAGAAGAAATAAGAAGAGAAGAGGCGTTCGAAATACAAATACTTTCATATTGTTGTCTATGTGTATTTGAAACTTAATTTAACAATTTACAATGCCATCTCTATAGTTTTATTGAATTAGGGAGGGTAGAAACACATTCTGTATGATGAAGTGTAATTTCGAAGATTCGGCCAAATTATATTGTTCGACACATTTCGTATTGTTCAACACAGTTCGTCACACCTCACACTACAATCGCGTGTACAGTGACATGATTGTACACTGTATTTGTTCAGTCACACACTTTTTGATGAGTTTTGGAGTTGTCCATTACTGCTTATAGCTAGTCAACAGCAAGCTATTGTTGGAAGACTCGCCGAAAGCGCTAGTGTAGGAAGTAGAAATGGTATGATTAAAGCAGTTTTAAATGGAGCGAAGTGTAATAGTTTATGGTACTGTTTTTAAAATACTTCCACTTGCTACTGTGGCGTCACTTTAATTAGTTCCCTTTTATTGGATTCCTTTACACTGAGATGGTACTCCTTAGTTTTACCCTCCATACTCCG 2 2 5' arm Bombyx_mori mirnest mir-281 4e-16 bmo-mir-281 3e-38 -36.9 ((.((......((((((.(((((((((((..(((((.((((((.((.......)).)))))))))))...))))))))))).))))))....)).)). (-36.9)