mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATTTTGTTTTTTTGTATTC CAAACAAACAAAATTAAG GTGGGCCGAAATAATTTTGTTTTTTTGTATTCTATTACATAGTCAAACAAACAAAATTAAGAGACTATG GGATGAAATTGATCAAATTGATGAGTGGGGTGTACGAGTACATGTGGCTGGGCGACTCTCATTGTTACCGGAGCACTTGAGAAGTTTAGTTTCGAAGGTCATGCTCGCAACCAAAGATAACAACAGGCTTTGTTTGAACATTGCTTATGCCTACACAGGTCGTGATGAAATAAGCAGAGCAGCTTCACGTATAATTGACGGAGTCAAAGAAAATAAAATTTCTCCAGAAAATATAGATGAAGAACTGATTTCTCAATCACTGGATCTTGGAGAGCCTGAATTGCTTGTTAGAACATCAGGAGAAGTTAGGCTATCCGATTTTATGCTTTGGCAGATTTCGAATACCGTTCTCTATTTCACGGATGTATTGTGGCCAGAATTCACGATTTGGAATCTATTTGGCGGCCATTATACATTTTCAGAGAAATGCACCTCCAATAAAAGCGGAAGACACCAATGAAACGGCGCACGAAAAGAAGGAATTTTTGAAATATTTAGAGCAAAGAAGAGCTCAAGAACTAACAAAATATATTAGTTGATGTTCCGTATTAATACTATGAAGTATATCAAACGGAACGCTTCAACTATTTAACGTGAATACAATAGGCGTTAATCACATAGTGATTAATGCTACTTTGCATCTTAATGATAGTATGGTGTATTTTTCTAAAAAGGTTAACTTTACTTCCATATATTGTTGTATAGCAGTTAAACCCAATGTGGGCCGAAATAATTTTGTTTTTTTGTATTCTATTACATAGTCAAACAAACAAAATTAAGAGACTATGTATGTTATGAATAAATATATACCTAATATAAATAAATTATTATCAAACAGTTAATTTATAAAAAAAAAAAAAAAAAA 5 0 5' arm Bombyx_mori mirnest 100 100 -14.1 ((((.......(((((((((((.((((....((((...)))).)))).))))))))))).....)))). (-14.1)