mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAGGGAAGATATTTGTATGA ATATAAATGTCTTTCCAGGGT TCAAATCCCGCCAAGGGAAGATATTTGTATGATAAATATAAATGTCTTTCCAGGGTTATGGGTG CGAATTTATTTAATATTGAATATGTGTGGTATATTTGTGGACAGACATGTTTACGGCCCGCATTTTATTATTGTGATTACTTAAACAGTACAATATAAATGTCGCCATATGTGTACTTGTATATACCTAATCTTGGTAAAAATAGGGCGCTATGTCCACTCGCGCTAAGGATATAAAATTGTACTCATTATTGAAGTTTTAGCTTTCATGTTAATTCTTCGAGAGAGTCATTAGGTGCATAGCTTAACGGCCGTCTGGTGTAGTGATAAGTGACATGGTCACTACACAAGGGGGTCGCGGGTTCAAATCCCGCCAAGGGAAGATATTTGTATGATAAATATAAATGTCTTTCCAGGGTTATGGGTGTATATAAAATATATGTATGTGTATAATAAAAATATTATATTTATTTCCGTTATCTGGTACTTGTAACACAAGTTCTTTACGAACTTAGCACGGGACTAGTTAACGTGGCGTGATTGTGTAAATATATAC 4 0 5' arm Bombyx_mori mirnest 100 bmo-mir-2818-1 1e-20 -23.6 ....((((.(((..((((((((((((((((.....))))))))))))))))..)))...)))). (-23.6)