mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAACTGCATACAAAATTGAGT TTATATTTGTATGGAATGGG AAGCTTCCGATTAATGTGCTTAGTGCGAGTTTTTTAAAGTTCTCGATAGCGTTAAAGTCAGCTTATATTTGTATGGAATGGGATCGTTTGCCTACGTTGGTTGCTAGGCGCGCTGTTCCAACTGCATACAAAATTGAGTTAACTTTTACGCTAACGAGAACGTTAAAAAACTCGCACTAAGCACATAGATGTCGGTGG CGAATTCGCGAGATTGAATCGTAAAAGCGCTTTTAATTGTGTTATGCAATGCGGTATATATCAATTATGACAGCGACCATGTGCACTAACGTATAAGTGTGTGACCTGTATACTGTACGGGCGATTTTCTTGTCACGAAATTTGAATTCACAAACGCGAATTTCGATTTTCCTCTATCCTGTTCTCACCACCACCGGAAGCCTTAAATGACGCAACCGCGGAAAATTATCGTCCCTAAATCGAACGAACAGTTAAAGCTTCCGATTAATGTGCTTAGTGCGAGTTTTTTAAAGTTCTCGATAGCGTTAAAGTCAGCTTATATTTGTATGGAATGGGATCGTTTGCCTACGTTGGTTGCTAGGCGCGCTGTTCCAACTGCATACAAAATTGAGTTAACTTTTACGCTAACGAGAACGTTAAAAAACTCGCACTAAGCACATAGATGTCGGTGGATAGCAAATGCTCCAATCTTTGATAAGAAAAAGCAAAGAGCTTAGACTGGTACACACTGAAAGACTTATTAAGTAACATACGATGGTTTCCAAGGCATTTTTTCGCGACAGGAATATCGCCCAAATAGCCCTTATCGTATCTGAATCCCCAAAAGAGTCTGCGTTACAATCGGCAATCAAACTTTTA 5 1 3' arm Bombyx_mori mirnest mir-2807 2e-29 bmo-mir-2807d 8e-28 -93 ...((.(((((..((((((((((((((((((((((((.(((((((.((((((.(((((.((((((..((((((((...((((((.((.((((((.((.....)))))))).)).))))))....))))))))..)))))).))))).)))))).))))))).))))))))))))))))))))))))....))))).)) (-93)