mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGTGCGTATATGTATAT TACGTTTATCTACATACACC CCATGACATTACGTTTATCTACATACACCCACTGACAACCCATACGCTTTTAAATCTATAAACACGTATTTATACAGATTTGAATTTTGATCAAATGAAAGGCCTCAGCTTAGAAAGCTTAACCACCCGGATGCATGTGTGTGCGTATATGTATATGTATAATAAA CATAATTTCATTATTTGATATCGTAGTCAGTTTTGTTCTATCTTCATTTCATCAAGATACGTCCCACAAAACGAGTAGTTAGCTCGAATAAGAATCAGTTGACAATTAAATTGGCCAATGTTTGCTGTAGATTATTGACAACATTTCATTTTCTAGATGTACTAACTCTAGAAAGCATACCCCTTCGAGTGGTTAACGTTTGAGGTCAACAGAGATGATGTGTCCGTTTTCTAGAGAAAATTACAGACTTTTATGCATTCTGTCATTCTGTACCAGAAAGGCGATCTACTTATCACGACAGAGTATCTACAAAACAAAAAGAAGGATCTTAAACGAACAGGTCACCATGACATTACGTTTATCTACATACACCCACTGACAACCCATACGCTTTTAAATCTATAAACACGTATTTATACAGATTTGAATTTTGATCAAATGAAAGGCCTCAGCTTAGAAAGCTTAACCACCCGGATGCATGTGTGTGCGTATATGTATATGTATAATAAACAGGTAGATAGGTACCAGGTAGCTCGGAAGAGCCGGAAGTGCTTGAATAATTTAGATAAAGTCAATTATTTACTATTAGTAACTCGTAGGTGTTATCATAGAAACCTAAAACATCAATGTTTCGCGTGAACACACCAAGAAGCAGAATATCTACCTGTGCTCACTTAATTTCTACTANATGTCCACTTNCATGACTTCATGCTTGAATAAGGTTTACTTGTAAGTTCACTAGCATGTAGGCCCATATGTTCTGCGGTTT 2 1 3' arm Alvinella_pompejana mirnest 100 mmu-mir-466b-1 0.0005 -23.3 .....(((((((((.(((.((((((((..(((((.((...........((((((((((((((......)))))..)))))))))...........))...((....(((((...)))))...))...))).))..)))))))).))).))))).))))........ (-23.3)