mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTGCATTATGTTCCTGAAT TTAGGAAAAATGTAAAACT AGTGCCAGCATTCTCAGTAGAGTTAGGAAAAATGTAAAACTTGATATATCCATTACTGAAAAATGAAGTCTGAGATGTTTGTGTTTGTGAAAAGGAATCTAGTAAAAATTATTACTCTTAAACTGAATGAATTAGCTTTCTCCCTCTTTTGTGCATGGATACTTAACCTATTTCTGCATTATGTTCCTGAATCTTGCTGAACATACCCTTG AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTGGCCATTACGGCCGGGGACAGTGAATTTAGCAGTGCCATTGCCTCCATTCGACATGCCAGGTTCGGAAAGAAATCTCGACCTGCAATGTATGATGCAACTCCAATTGCTTATGAAGACTACAGTCCTGATGACAAACCTTTGGTCACACTGATTAAAACAAAAGATTTGTAATCTACTTCAGGGTTTTTTGGGTATTATTTTTCAAAAGGATGGGCTACTGAATTAATTCAAATATTTTTAAGATGAAGAAAGTGTAAGAAATTTAAAATGTTTAGCTGCTTCAAAAATTTCTGTAGATTATTTAAGAACAGGTTTTCTGCAGCTTCTAGTTTGGGGAAAATATTTTAAAACTGAAGTTCACGATTTACCTTTTAATGTACTTTCAGCTTTAGAAACCCTAATCTTAACAATAGTGTGTGCTTCTACCAAGCTCAGAAGTTGAACCTGTGTGGTTGTTACAGATGGAATATGATATGTTAAGCAATGTCAAGTTTCTCTTCAACATAACAGTGCCAGCATTCTCAGTAGAGTTAGGAAAAATGTAAAACTTGATATATCCATTACTGAAAAATGAAGTCTGAGATGTTTGTGTTTGTGAAAAGGAATCTAGTAAAAATTATTACTCTTAAACTGAATGAATTAGCTTTCTCCCTCTTTTGTGCATGGATACTTAACCTATTTCTGCATTATGTTCCTGAATCTTGCTGAACATACCCTTGAGTTGATGTTGGTCATTTTTGTAATAGTAATCAAGGTAGGCTTTGTAAAAACGACACACAATTGAAGTGCCTATTCAGGCAAACAAAGGATTTGATCCTGCTGCTTTTGAAATGAGTGGATAGTGTGATGTCCTCTGATTTAATGGTGCTCAGGATCAGGTCTTTATATTAGAACTATATTTTTCTTTAAAAAGTCAAAGTTTTTTATAGTGTGAGTAAACAAAACTTATAATTTGAACAGTTTGTCTCTCAAATCTTGTTAATGTACAGTATTATTTTGTTTCAATATTGTGTATTTCTCATAGTGCACCATATTTATGTGTGTGTGGGTTTTTGTGGCTCTACTTGATTGTTTATGTGCTTCAAATTCTTGCTTATTTGAAAAAATATTGATAAATGTGATCAATTCAAGGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 2 3' arm Anolis_carolinensis mirnest 100 100 -36.5 .((....))....((((((((.(((((((.((((((.((.((((..((((((((((........((((...((((.(((...((((((....((......(((((......)))))......))..)))))).)))..))))...)))).))).))))))).)))).....)).))))))...))))))).)).))))))........... (-36.5)