mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATCGATGAACCGCTGCCTCA ATGCAGAGGTTTATCGATCGA GTTAAGGCGCTGGATGCAGAGGTTTATCGATCGATTCATGTATTTGTGTTATTCTCACAACAAAATTCTCAGGAAGAGATCGATGAACCGCTGCCTCAATAATAACGC ATCAGGCAGAGGACGAGACAAATGGGGGAAAAATAGTGATTAAATATTTGCAACTTTTATTTGAAAAATAATCAGTAACCAGGTAGGGTCGACAACTGGGAAACGATAACGTAGCCCCTTCCGCTTCACTGCAGCCACCAAACATTACGCCATTAATAGTGAACACTCTAAAAGGTAATATATACAGAAGTAATGGAAAATAAAAATTTACTCATTATATCAAGATCTATAGTTTAAAAAAAAAGAATTTCTGCAACCAAAAAACAGATTTTGTTAATAACTAACATAAAACTTCATGGGAGAGTTAAGGCGCTGGATGCAGAGGTTTATCGATCGATTCATGTATTTGTGTTATTCTCACAACAAAATTCTCAGGAAGAGATCGATGAACCGCTGCCTCAATAATAACGCTAAAAATTTTCCATGCTCTCATAAAAAAAATAAAGAATCGACAGAAAGAAAATACAAATCTAACAGATCTAAACTAATTAAGAGAAAATAAAAACTTCGCAATGTATTATACGAATAAAAGAACTGCAAAAAAAGAAACAATTCCAAGAAAAAAACAAATCTAATTGTAGTCTCGCCATTGCCGTACT 3 0 3' arm Gossypium_hirsutum mirnest MIR162_2 7e-18 ghr-MIR162a 4e-50 -32.5 ((((........((.((((.((((((((((((..(((.((.((((.(((.......)))...))))...)).)))..)))))))))))).)))).)).....)))).. (-32.5)