mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACCAAAGGCCTCTGCCCTTC GGGGCAGAGCTTTTGGTTTT TTGTGAGGCCCCAATTCTTGACTGGAAGGGACACCAAAGGCCTCTGCCCTTCCATCCGATAGAGAGGGGGGGCAGAGCTTTTGGTTTTTTCATGTTGTCAAAGAGTTGAACAATGA GCTTCCCTTTTGGGCCGGTTGTGGGCGAGGAGGGATTCGAACCCCCGACACCGTGGTTCGTAGCCACGTGCTCTAATCCTCTGAGCTACAGGCCCCACCCCGTCTCCACTGGATCTGTTCCCGGGAGTACCCTCAAAAAAAAAAGGGAACCTTTCCTCTCCCCAGACATTTCGGGTTAAGAAGATGTGAAAGCGCATTTCTCTCTATAACTATAAGAAGGGTGCGTTCCGAGGTGTGAAGTGGGAGAGAAGGGATGTCATAATTGGGGTTTTGAATAAGACGACCTTTCTTTTCATTTTTTTCTTTTTCATATTTAAAAAGTAATAAGAATGAGAGGTGTTAAGCTTTTTATCATCCTGGCGTCGAGCTATTTTTCCGCAGGACCTCCCCTACAGTATCGTCACCGCAGTAGAGTTTAACCACCAAGTTCGGGATGGATTGGTGTGGTTCCTCTACGCCTAGGACACCAGAATATCGAACCATGAACGAAGAAAGGCATGAGAGAAAAGCATATTGGCTAGTGATTGTGAGGCCCCAATTCTTGACTGGAAGGGACACCAAAGGCCTCTGCCCTTCCATCCGATAGAGAGGGGGGGCAGAGCTTTTGGTTTTTTCATGTTGTCAAAGAGTTGAACAATGAAAATAGATGGCGAGTGCCTGATCGAATTGATCGGGTCATGTAGGAACAAGGTTCAAGTCTACCGGTCTGTTAGGATGCCTCAGCTGCATACATCACTGCACTTCCACTTGACACCTATCGTAATGATAAACGGCTCGTCTCGCCGTGACCTTCTCTTGAATTCTCAAAACTTCTGTCGCTCCATCCCCGCAGGGGCAGAGAACCCGTCGCTGTCTCGGCTGTGCTACCGGAGGCTCTGAGGAAGTCGGAATAGGAGAGCACTCATCTTGGGGTGGGCTTACTACTTAGATGCTTTCAGCAGTTATCCGCTCCGCACTTGGCTACCCAGCGTTTACCGTGGGCACGATAACTGGTACACCAGAGGTGCGTCCTTCCCGGTCCTCTCGTACTAGGGAAAGGTCCTCTCAATGCTCTAACGCCCACACCGGATATGGACCGAACTGTCTCACGACGTTCTGAACCCAGCTCACGTACCGCTTTAATGGGCGAACAGCCCAACCCTTGGAACATACTACAG 1 1 5' arm Vitis_vinifera mirnest 100 100 -43.7 .(....)....(((((((((((..((((((..(((((((((.(((((((((((.((.....))..)))))))))))))))))))))))))).....))).))))))))........ (-43.7)