mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGTTGACATCATCCAATAT ATTGAATTATGTCAATAGGTT GCTTTTAATTAAAATGATGTTTGTTTTTTGTTGAATAAAAAATGTCAAAATATTTGATTTTTTCTATTAAACTAAAAGTAACTTGTTGACATCATCCAATATAATTAAAGTGAACTTGTTATCAATAAGTTGAGTTTAGTTATATTGAATTATGTCAATAGGTTACTTTTAACTGAATAAAAAAAAGTCAAATATTTTGATATTTTTTATTCAGTTAAAAAATAAACATCATCTAAAACTAA CTTATATAAGAATTATAATTTTGACTTTGGTTTCAGCTTTTAATTAAAATGATGTTTGTTTTTTGTTGAATAAAAAATGTCAAAATATTTGATTTTTTCTATTAAACTAAAAGTAACTTGTTGACATCATCCAATATAATTAAAGTGAACTTGTTATCAATAAGTTGAGTTTAGTTATATTGAATTATGTCAATAGGTTACTTTTAACTGAATAAAAAAAAGTCAAATATTTTGATATTTTTTATTCAGTTAAAAAATAAACATCATCTAAAACTAAAATATAGACAAACAAGACTTTAATCTACAGGAACAGTGCTTGATGATTGAAGCTAAATTAGATATTAAATCGGTATTACTTATTCAATAAATGTAATGAGATCAGGGATTATAGATAGACAATAGATACAAGTAGGCAATTATTCAATAAGCACACTTTTTTGTTTCTTACCCTACACTTAAGACAGTTGTAGGTACTTATAAGCCTAGACCAAGTTGCATGATATGGCATAGGAAAAGAAAAAAGGTTAATATGATATGAAAAATATTATTATAAAATTTTGTTATGATATATAGTATGGTATAATTTTCCTTGGCCTAGTACATTATGTATTAGAGCTTGTCCTGGGCA 2 0 5' arm Vitis_vinifera mirnest 100 vvi-MIR3631c 3e-31 -85.8 .............(((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((.((((....((((((((((((((((((((.((.(((((((((((((...((((((((...))))))))...))))))))))))).)).))))))))))))))))))))....))))..))))))))))))))))))))))))))))))))..))))))))))))))))).......... (-85.8)