mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGTGCTTGGACGAATTTGCTA ACAAGTTCATCCAAGCACCATC CAGAAGAATTTTGATGATCTTCACAAGTTCATCCAAGCACCATCTAAAGCTCAAACAGGCCTACGATTTTCTTCAAAACTAGGCTTATTCATGATGGTGCTTGGACGAATTTGCTAAGAACATTAAGTTCTTGAA CCTCATTCAAGGGGCATCTTCTTGAACTGAGGAGAAGAGAGGGGTGGTCGAGGTTGTGGTTGTGGTTGATGCAGAAGAATTTTGATGATCTTCACAAGTTCATCCAAGCACCATCTAAAGCTCAAACAGGCCTACGATTTTCTTCAAAACTAGGCTTATTCATGATGGTGCTTGGACGAATTTGCTAAGAACATTAAGTTCTTGAAAGTAAAGCCAAAGGGGCAGCTCAGTTCTGCAAGGTTTTTTCTTCTATGTTGATGGATCCACCATAACTTTGCATGGTAGGTAGGTAAATAACCTTCTCTTTTCCTTAAGTATGATTTTTTTTTCCTTTTTTTTGGGGGGTTTTTATTACTTTCTTTCTTTTCTTGCTTTGTTTCTTTTACTGAAGAGGATAAAAAGTACCTATGAAATCATAGTATTTGTGGTTTAGTTGCTTCTTGAAATAGAGGCCGGGAAGCTACCAGAGACACAGATCTCCACGCTGAATCCTTAAACCTGGAAGTTCTCTTTTGCTTCTTCAAACTATGGGGGTGCGGAAATCGACCTCCCACTTCTGACCTCTGTGTGAGCCAGTTTCACCGGCGACTGTCCGTTTCTTGTGGGGTTTCATAACACATATGACATGGTATTGGTAGCTTTTCTCTTGAGATCTCTTTTGCCCAGTCTTTATTAGTCTAGACCTTGTGTTTCTTGCAGCTTTCAGTTTGTATGGCAATCGGCCAACCCTAGTAGGTGGAGTGGAATCGAACCGATGTTAATCGGAAGGGTGGATGCAGGGTACTGCTTGACCGTTCGGATCTGCTAGGGATGAAACGGTGGGCTGTGCCGGCCTAAAATCATCATAAACATTATTGATGGTATTTTACTTGACATTTGATCATCGTCCCAATAAATTATCTATGTTTCCAC 3 0 3' arm Vitis_vinifera mirnest 100 vvi-MIR3623 9e-67 -44.9 ...((((((((.((((.((((..(((((((.(((((((((((((.........((.(((((((................))))))).))...))))))))))))).)))))))..)))).))))))))))))... (-44.9)