mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTTCCTACTCCTCCCATTCC AATTGGAGAGTAGGAAAGCTT GGTGTGAATGTGAAGTCTTTTGATTCCTGCGATTATTTGGGAATTGGAGAGTAGGAAAGCTTAGCCATCTATTTCCTTCATGGTTTCCTCTCCATGGATTGGGGTCTAGAGCTATGTCTTTCCTACTCCTCCCATTCCTATTGTTTTCGGGGATTTCCGCTTCTCTTCTCTTAACA TAAGTGGATTCCAGGGAATGGCATTCGGCCGGGGACGGATCGTGGGTGTGAATGTGAAGTCTTTTGATTCCTGCGATTATTTGGGAATTGGAGAGTAGGAAAGCTTAGCCATCTATTTCCTTCATGGTTTCCTCTCCATGGATTGGGGTCTAGAGCTATGTCTTTCCTACTCCTCCCATTCCTATTGTTTTCGGGGATTTCCGCTTCTCTTCTCTTAACAATTTTTTTTTTTCTTCTATTACTATTTTTATTTGTTTTGATCATGACCCATATGTTTTCTTCTTCGTTTCTGTTTTGTAGATCTCGTTCGGGTTTCTAAGAGACTTCTCTGGGCTCATAAACCAAGCAAGATCTACTTGACTGGACAGACCGGCTGTGATATCTTTGTTTCTGTGGACTCGGATCCTATGCCCGTTTTCAGATTGGGTTGATTTTTATGTACCTGTACGATGAGACATTTAAGGAAGAATGGTGGATTCATTAATAACAACGTATTGAAATTCTCTTTGCTGAAAAAAAAAAAAACCGAAATCAGGGTTGGTTTTGTCTCCCGCTTGGACCAAAGCTTCTCTATTATCAAACGTGTTTTCCCACGGGACGGGATTTAAAACCTACTTGCCGGGTTAGCCCTAAGGGGGAGAGTATTAACCTTCTTGGGCCGTTTTTTTACACGGTGGGACTGGAAATACCCGGGGGTCCACCTATTAAACCCCCTTGTTTCACTTCCCCCTGTGCCTCGTGGGGATAATTCCAAAAAGGCCCGCACCAATCCCCCTTGCCAATCTTTTGGCGAACCTGAAGGGCAAAGCGAAATTGTAACCCCTTTATTTTCTTCCTAAAATTCCCGTATAAATTTTTGTTAAAATCCTTTCACTTTTTTAACCAATAGGGGCGTATATCGGAAACTCCCCTTATTTATCAAAAAAAATTAACCGAAAATGGGGTTAACTGGTTTTTCACCTGTGGGAAACCAGATCCCCTTTGTTAAAAAAAGTTGGGCCTCCCTCGCCAAAATGGGGGGAAAAACCCCTTCTTTCTCGGGGCAGTTGTGCCCCACCACACGGTGGAAAAATCACGCTAAAAACTGGTGTTCTGGGGTCAGGGGTGGGCCGTCCAAAGCTCATTAGGGACAACTCCTTAGAGGAGAACCCGCGAGTCAAAGCTTATCATGGGTAAACCACACGACACCCTCCCTAATATAATCGCTGGATTAAACTGCCCCTAGCTGGCTCCATCCGTATGCTCAACATGATAGCTCTGTCATCTGATACTTACT 2 1 3' arm Vitis_vinifera mirnest 100 vvi-MIR482 4e-48 -58.1 ((...(((...(((((.....((((((((.((.((..(((((((.(((((((((((((((.((((..((((..((((((((((........))))))...))))..)))))))).).)))))))))).)))).))))))).)).)).))))))))...)))))..))).))..... (-58.1)