mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTTCCTACTCCTCCCATTCC AATTGGAGAGTAGGAATTCTT TGTTTCCTGAGAATATTTGGGAATTGGAGAGTAGGAATTCTTAGCCATCTATTTCCTTCATGGTTTCCTCTCCATGGATTGGGGTCTAGAGCTAGTCTTTCCTACTCCTCCCATTCCTATTGTTTTCGGGGATTT TTTTTTTTTTTTCCCAGGGCATCGGCATACGGCCGGGGGATGGTGAGCTCAAGAGACGGATCGTGGGTGTGAAGTGTGAACTCTTTTGTTTCCTGAGAATATTTGGGAATTGGAGAGTAGGAATTCTTAGCCATCTATTTCCTTCATGGTTTCCTCTCCATGGATTGGGGTCTAGAGCTAGTCTTTCCTACTCCTCCCATTCCTATTGTTTTCGGGGATTTCCGCTTCTCTTCACTTAACAATTTTTTTTTTTCTTCTATTACTATTTTTATTTGTTTTGATCATGACCCATATGTTTTCTTCTTCATTTCTGTTTTGTAAATCTCGTTCGGGTTTCTAAGAGACTTTTCTGGGCTCATAAACCAAGCAAGATCTACTTGACTGGACAGACCGGCTGTGATATCTTTGTTTCTGTGGACTCGAATCCTATGCCCGTTTTCAGATTGGGTTGATTTTTATGTACATGTACGATGAGACATTTAAGGAAGAATGGTGGATTCATTAATAACAACGTATTGAAATTATCTTTGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTCGGCCCCCTCGGCCCATCAAACTCTAAACTCAAGCAAGTTTTTGACTGCGGCCGCATTTTGACTTCCCTTGCCCATTTCCCCCTATAGGGAATCTAATTACAATTCACTGGCCGTTGTTTTACAATGGCGAGACTGGAAAAACCTTGCCGTTACAAAAATTAATCGCCTGGCTGAAGATCCCCCTTTCACCACTTGGCGTATGACAAAAAAGGCCCGCACTGCTATTCTTTCCACACATTGGCCCCCCTTGATAGGGGTAAGGGAATTGAAAGGGATAAATATTTCTGTAAAATTCATTTATAATTTTTTTTTAAATCTGGACTTTTTTTTAAAAAATGGGCCGAATTTCGGCCAAAATCCCCTAATACCTTAAAAAAATTGTACCAAGAAAGGGTTTAAAGTGCGGTTTCGAGGTTAAAAACCAGAATCCCCTTTTTAAAAAAAAATTGAAACTCCAACCAGCAAGGGGGGGAAAAAACCCTTCAAACGGGGGGAAAAGCGCCCCACCTTGTGACAACCAAACCCCATAAACAAAGTTGTTTGGGGGGTAAAAAGTGGGGCCTCTAGGGGAACAAAAAGCCCCCAACCCCCAGAAAGAGAACCCCTCCCAATTTTTATTAATTTTTGTGAGGGGGAGAAAATCGTCGGCCCTTAACTGTGGGCATAAAACATGGCGAAAAGAAGGAAAGAAAGAAACGATCATATGATTTGGTAGTTTTTTATTGATTTGAGGTGTGTTCTGTGTACTTGTTTCTTTAATGCTGGGTGTATCTCTTGACCTTTTTTACTTTTACTTTCCTCATTGCCACCACGCACTACATTCTCACTGCTTATC 4 1 3' arm Vitis_vinifera mirnest 100 vvi-MIR482 1e-47 -53.6 ...((((((((((((..(((((((.((((((((((((...(((((..((((..((((((((((........))))))...))))..)))))))))...)))))))).)))).))))))).))))))))))))... (-53.6)