mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GCCTTCCTTGAAGTCCAATAG GGGTTTTGGAGTGGCCTTCCTTGAAGTCCAATAGAGGGTCTTACTGGGTAGATTCATCTGCTGACTTATGGATCCCACAGCCCTATCCCGTCAATGGGGGGCATTGGATAGGCTTGTGGCTTGCATCTCTCAGGAGCTGCATTATCCAAGTTTAGATCCTTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCTCTCTC TTTTGTAGGTGATTGCACGAATACGCATACGGCCGGGGGTTAAGGTGTTTCTGGATGAAATTAGGGTTTTGGAGTGGCCTTCCTTGAAGTCCAATAGAGGGTCTTACTGGGTAGATTCATCTGCTGACTTATGGATCCCACAGCCCTATCCCGTCAATGGGGGGCATTGGATAGGCTTGTGGCTTGCATCTCTCAGGAGCTGCATTATCCAAGTTTAGATCCTTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCTCTCTCTCTGTCCATCATCATCATCATCACTTTTCATTTTCTTTTATTTTTAGCTTTTGATTCATCTTTCTTCATGATAAATGCTAAATTTTCCAAACAGATAAAACTTATTTTCCTTTCTGATTCTCCGATTTCTAACCTCATCATATTATATCTCCATTTTCTTTTGTGGCTTGCATTACTGACTGGATTTGTTTCTTCTATGTTATCTCTCCCCATTTCTGGAACTAACACAAGGTCAATATTTTTCCAGTACCATTTAACTGAACCATTTCTTTCTCTATAACTTCTCATTTGCTCCATATGCAGGAGCTGACAGATTGAAGGTCATTCACTGTGCCCATTTCACTTCAAGCGGTGGGTTCATGAGGATCACTGATTTGGAGAACTAGATTACATTTTTTCTGTATTAATGAGATTTTGTACTTGTTTGAAGATCATGAGAAATTTAGTTAGGTTTCTACAGAAACTGTGATAATGATCAAATTTTATCAACTTAAATCAAAGGCCATCAATCGCACCTCCCAAAAAAAAAACCACAAAATGAATAAAAAATTCTTGTTCGGCCCGCCCTCGGCCCAAATCAAACTCTAAAACTCCAACCAAACTTTAATCCATTGCCGGCCCCCAATTTCGAAGCTTCCACTTTGGCCCAAATTCCACCCCCTTAAAAGGGGAAGTCCCGTAATTTAACAAATTTTCCCTTGGGCCCGCGCCCGCTTTATTATACAAACATTTTCCTGTGGAACAGTGGGAAAAAAAAACACCCCCTGGGGTCGGCTTTTCACCCCC 5 0 3' arm Vitis_vinifera mirnest MIR159 5e-91 vvi-MIR159c 5e-91 -66.9 (((....((.((((..((((((..(((((((..((((((((.(((((((((((((((..........)))))))((((((.(((((((.(((.......)))...))))))).))))))..((((.(((....))).)))).))))).)))..))))))))..)))))))..))))))..)))).)).))).. (-66.9)