mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATTTTTATGTGGGAGTGTT TACTCCTTCTAAAAAATAAGT AACACATCCACTAATTTTTATGTGGGAGTGTTTTAGCAAAGCTATAACTTAGAGTGTATTTAACCACTGTTTAGTTATTTATTTGCTAAAATACTCCTTCTAAAAAATAAGTGG CCCTAGATACAAGCATGAGCAAACTTACTCACAAAAACGAATGTGAATAGTTGTTTGTACGAGCATATATATATATATATATATATGGTTTGCTAGAACACATCCACTAATTTTTATGTGGGAGTGTTTTAGCAAAGCTATAACTTAGAGTGTATTTAACCACTGTTTAGTTATTTATTTGCTAAAATACTCCTTCTAAAAAATAAGTGG 5 0 5' arm Medicago_truncatula mirnest 100 mtr-MIR2604 3e-60 -37.9 .......(((((.((((((....(((((((((((((((((...((((((.((((((........)))).)).))))))...)))))))))))))))))....)))))).))))) (-37.9)