mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATGTTGTCTGGCTCGAGG TCGGACCAGGCTTCATTCCCC CTATTGGGAAGCTTTATTTTGGGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGACGCTTTCTTCTCGATCTAATGCAAATTTGTGGTCATGGATTGTAAAGTATTCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTATATGCTTCCATGGA TCTTTCTCTCTCTTTAACTCCCCCTTGAAGGTAGCCGAGACTTTTGGGGGATGAATCAAGAGTTCAAAAGAGAACACAAAGTGTGTGTGTGTGACCATTACAAAACTCTAAGAAAAAGACTATTGGGAAGCTTTATTTTGGGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGACGCTTTCTTCTCGATCTAATGCAAATTTGTGGTCATGGATTGTAAAGTATTCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTATATGCTTCCATGGACTATACATACACTTTCATAGCTTCTGGAGAAGAGATAACAACAAGGTGTTTCTTCATCAATGATTTGTGAAGCAATGTTCTTCAAGGAGGAAGTAATTTGTTCATCAAGGATCTTGTTGACTTTGTTCATGAATTTAGGCATCAATTGTGCTTTTCACACCCCCTCCCCACACGCACAAATGTATAATCAACTTCAAATGTACTGATTAATTTTAGTTTTTTTATTTTATATTTTATTAGGATGTTATTATATTGTGCTTAGTAGTATACTAGTATACGTTAATAGATAATAAATCAATGATTAATTTTGAAAGGAAATATTAAAGAGTCCCTTTTACTACTTAACATTTTTGATTTGCCTTGTTTTCTTCATAAGCACATGGATTTGGAAGAGACAGCAACGTCAATGGTAAATCTGATTCAGAATGGTAGCAAAAGGGGTCAGCAAGCATATATATATATATATAGCTAGGTAGCTAGTGACATAGGGGAACACGAATGACATAAACACAGTGATCAGATCAGTGCTTATCTAGCAGCAGCACTGCTTTTTCTTTATCATCAAATCATCACCATAGTCGATAATTACATCTTCATTACTTGCACGCAAATGTATAGTTTTCAAATATCAATGCAACTCATGTATCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 5' arm Medicago_truncatula mirnest mir-166 6e-53 mtr-MIR166g 3e-54 -56.1 ......((((((..(((.(((((..(((((((..((((((.(((((((.(((((.....(((((((.((((....))))....))))))).))))).))))))).))))))..))))))))))))..))).))))))..... (-56.1)