mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCTC GGAATGAGGTTTGTTCCAAGA TTTGGAATGAGGTTTGTTCCAAGATCATCACACATCATGTTTCTTCTTCCCTTTCAATAATTCTTGATTAATTTATGTTCATACATCTATATATATATCTATATATATTATCAAGTCATTACATGCATGGGATGAGATATTGAGAGTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCTC GGCACGAGGGCAGGGGAGAGAGTGAATATGTTACTCAAAAACCTACCTATTATTACCTATATATGTCTAACATGGTTGGAATTTCATCATATATATTGTTCCTTTTATTTACCCTCCTAGGATTCCCTTTCTTTGTGAGAGGCCTATTTCTAAACTTTTGTTTTCAAAGAGTGAGTATTGAGTGAGAGAGATTTGTCTTCAAAGGAAGGAAAGGAGGTGTTTGGAATGAGGTTTGTTCCAAGATCATCACACATCATGTTTCTTCTTCCCTTTCAATAATTCTTGATTAATTTATGTTCATACATCTATATATATATCTATATATATTATCAAGTCATTACATGCATGGGATGAGATATTGAGAGTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCTCAC 4 0 3' arm Medicago_truncatula mirnest mir-166 2e-50 mtr-MIR166f 1e-51 -45.6 ...(((((((((((((.(((.(((((((......(((((((((....((((...((.((((.((((((.(((.(((((..(((.((......)).)))..))))).)))))))))..))))..))...)))).)))))).)))..))))))).))).))))))))))))).. (-45.6)