mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATGTTGGCTGGCTCGAGG TCGGACCAGGCTTCATTCCCC TGTCTGTCTTCTTATTTGAGGGGAATGTTGGCTGGCTCGAGGCTTTTCAGTTTCACAAAGGAAGTTCAGTCTTAATTGTATGAACTATAAGGCTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAAAATCTTAATTGTTT GGAGTTGAAAATAGAAGCGTTTTGCATAAGCTAATTTTGGAACATGTGAAAGAGTAAGTAAAAAGCACCATTAGTGTGGTGTGAGTCAGTGCTTATGTCTCTTTTTCTCTCTCTCTCGTAACACTAATAAATGTGCTTCCCTCTCAGCTAGCTATATATAAGAAGGTATGTGAAGGTTAGGGTTTTCATCAAGGGTGAGAGTGAGAGTGAGAGAGAGTTGAAGGTGTCTGTCTTCTTATTTGAGGGGAATGTTGGCTGGCTCGAGGCTTTTCAGTTTCACAAAGGAAGTTCAGTCTTAATTGTATGAACTATAAGGCTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAAAATCTTAATTGTTTCTTCTTGTGAGTTTATCCTTATTATATATGAAATCATCTCTATATATCTACCTA 2 2 5' arm Medicago_truncatula mirnest mir-166 3e-54 mtr-MIR166e 2e-55 -47.8 ..............(((((((((((((..((((((.((((((((((..(((((.((((((((.......))))..))))..)))))..)))))))))).))).))).)))))))))))))............. (-47.8)