mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTGGGACGGAGGGAGTATT TACTCCCTCCGTCCCAAATTG AGGATTAAGGGAGTACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGTCGCTTTGAAAAAAAAATTATCCCAAATTATATGTCGCTTTACAATACCAATGAAATATTAATGTTATTTTTCCTATTATATCCTTAACTATTAATTATTATCTCTTCTTTCAATTATTTCATTTATCTTTTCCATACCATTTATTATGGATAATTTTGTAAAAAAACTCATAATTTATCTTCCCCACACAATATTAATTACATTTACGTGTGAAATGGCCAAAACGTCATACAATTTGGGACGGAGGGAGTATTTGACTACATT TACGGCCGGGGTCTGANNNATTTCAAATAAATTTATTATTCCAACAACTTTTTCTTAATATATGTGATTATTGTTAGAGATTCTTATAATAAAGGATTAAGGGAGTACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGTCGCTTTGAAAAAAAAATTATCCCAAATTATATGTCGCTTTACAATACCAATGAAATATTAATGTTATTTTTCCTATTATATCCTTAACTATTAATTATTATCTCTTCTTTCAATTATTTCATTTATCTTTTCCATACCATTTATTATGGATAATTTTGTAAAAAAACTCATAATTTATCTTCCCCACACAATATTAATTACATTTACGTGTGAAATGGCCAAAACGTCATACAATTTGGGACGGAGGGAGTATTTGACTACATTCAATCCACAAACATAAAAACACAACATTCTAACCCCAATTANATGAATTATTCTATTTTATCTGTATTCGGCTCAAGTACCAACTAATCCGGTTAACTTAGCGGGGCTCAATTGAAGCCGGAGAAAAGCCATGTATGGACTAACCCAACACATGAATTGTTAACACTAAATAATCGAACCTAAGACATTGAGAGGAACACACTCGTANNNCCCGGACCCAATTACATGAAATATTGAACTATAAACAAATGAACAAACAANNAAAATNAAAAAAACTCANTTTGACGGANTTGGGAGTTTTNNTNGGTTTCNCCNNANTGNGGA 0 0 3' arm Medicago_truncatula mirnest MIR1122 0.000001 tae-MIR1122 0.0002 -61.3 ..........((((((((((((((((((((((((((((.((.((((.....((((((((((..(((...(((...............((((((((((((((((((..................)))).)))))....................)))))))))..............)))..)))..))))))))))(((((...........)))))((....(((((..................)))))....)).)))).)).))))))))))))))))))))))))))))......... (-61.3)