mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCGGTAGTTAACTGCTGAG CGGCAGTTAACTGCAGAGGGG GGTTTTAATTTCCTCGGTAGTTAACTGCTGAGGTTTTCCTCGGCAGTTAACTGCAGTCGGTTTTATTTTTCCTCGGCAGTTAACTGCAGAGGGGGTATTTTG CNNCNTTACGGCCGGGTAATATGAACAGAGAAACGGTTTCTAACAAAGATTTGAAACCCACTATTTTCTACTCTATGAACATCAACATTGAAGGTTTCTAACAAAGTTTTTGGTGAAATGGTTTGTGAAAACGATGGAGTTGGAGTGTTTTGAATTGTTGGTGAAAAGGGTATCANGAGAACAGAGATAACTGTGTGATAGTGATGATTTCATTTGCAATTACAATTGCAATTTTAACCCANATGAATCCATTGAAACTTTGTGTATATGAATTTTTTTATCAATGATTTCGGATGTAATCTATGTTAACATAACAAGTGTCATTATTTAATTGTTTTTACCTATGGTGCTGATTATTTATACATTGAATACAAATGATGGTGCTTCAAACCTGCTATGATTTATATTTGTCTTTTCTTTCTAACGCTGCATCATGTTACATGTATGATGATGATGACTGGGTTTTAATTTCCTCGGTAGTTAACTGCTGAGGTTTTCCTCGGCAGTTAACTGCAGTCGGTTTTATTTTTCCTCGGCAGTTAACTGCAGAGGGGGTATTTTGGTATTTTACTGGTGTTTCTCAGCCCTATAACATGTGTAAACAGCAATTCTCAAGAAGCAAATATCAAAATTTTCAAACACTGACATCCTCTCATCTTATTTGCATCAAAATCATAGTTTTAAAATCCGGATCGGTGATCGACTTGGTAANGGTACTGGTTCNCTANTTTAATGGNTGAACTATTGGGTCACTGGTCGAACCACGCNACTNAATAANATTTAAT 1 0 5' arm Medicago_truncatula mirnest 100 mtr-MIR2629c 0.00000008 -39.6 .......((((((((.(((((((((((((((((......(((((.((.....)).)))))..........))))))))))))))))).))))))))...... (-39.6)