mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCTAATTA ATTANGGACGGAANGAGTAAT CAATCCAAAATTCTTAAATAATACTCCCTCCGTCCCTAATTANAAGACCCTTTTGCTTTGCTAAAATCACGGGAATTAAGAAAGCGGATATTTGTATTAAAGTTGTTTGTAATCACTGTTGTTTTTACAATTTTATCCTTAAGAGAGAAGGTTAGTTTATGTTTTCCATATGCTACTTATTGCTGATTGAAGAAAAAGATGTATAATAAATAAGGGCATGTATGTAAAGAAATAATTAATGTAGTTGAAAATAACAAAGGGGTCTTATAAAAAAAGACAAAAAAATCTCAAAAGGCTCTTATAATTANGGACGGAANGAGTAATAANTTATAATCATTCACT CNTTACGGCCGGGCTCTTGTATAATGTTGTACTCTAATCTCTGTACCAATAAATTTTAGATGAAATAATTGTTGGTTGAAAATTTGAAATGGCAATGGTGAATACTTATTTTAAGTACAATTAAATTTATTTAATGTCTGATTTCGAGTTTGGTCACCGCAGCCATGCATCTAGCTTCCTTTTTGCCGCGAAAACAAACGACACATCTATTGCCTTTTGATCTTGGACCCGGAAACAANCGGAGTTTAGTTAATGTTTGATTCTCCAGTATAAATGCTAAAACCATGGTGAAAACCCACACTAACGTAGAAGCTTAGATTTCTTGCTTCTGAAGTTTAACAGTGCAATAGCATTGTTACGTCAAAAAATGAAGCTGGACGCCGATCCAAACACACATGTTTGATCAAATCTAAGCGATAGATTTCTTGTCTCACCAATCCAAAATTCTTAAATAATACTCCCTCCGTCCCTAATTANAAGACCCTTTTGCTTTGCTAAAATCACGGGAATTAAGAAAGCGGATATTTGTATTAAAGTTGTTTGTAATCACTGTTGTTTTTACAATTTTATCCTTAAGAGAGAAGGTTAGTTTATGTTTTCCATATGCTACTTATTGCTGATTGAAGAAAAAGATGTATAATAAATAAGGGCATGTATGTAAAGAAATAATTAATGTAGTTGAAAATAACAAAGGGGTCTTATAAAAAAAGACAAAAAAATCTCAAAAGGCTCTTATAATTANGGACGGAANGAGTAATAANTTATAATCATTCACTCTANNTCTACTATAAAAGAATTTNANTTGTTTTACTGNNNNTNAAGTTTTGNGNNAA 3 0 5' arm Medicago_truncatula mirnest MIR1122 0.00008 100 -70 ..............(((.((.(((((..(((((((.((((((.((((.(((((((((((.((.((.((....)).)).))))))).((((....))))...(((((((.((((..((.(((((..((((.((((.((.((((.((.((.((.((((.((((.....)))).)))).)).)).))..)))).)).)))).)))).)))))...)).((((.(((........)))....)))).)))).)))))))..(((.(((((.......))))).......))).)))))).)))).)))))).)))))))..))))).))..)))............ (-70)