mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCCCTCCGTCTCAAATT TTTGAGACGGAGGAGTATTA CCAACTAAGAAATACTCCCTCCGTCTCAAATTATAAACAAAAAAATATTTTCACACTTATTAAGAAACTAAAATATTGTAGTTTGTAGTATGACTTCTTGTGTTATCTTTGGAATAAGTTTCATAGAAAGATATAAAATCAATTTTCATTGGTTATTAGTTATAGAGAAAATTGAAAGAGAAAACATAGTAAATGCAAATTGCATTTAATTTCTCTTTGGAAAAGATGATTTTTTGAAAAAATATAATTAAATATAATAAAAGTTAGTCTTTTTTACTTATAATTTACGACAAAGAAAATGAATTTAATTCCTTATAATTTGAGACGGAGGAGTATTATTAATCTT TNACGGCCGGGCATGGCTCTCATGTGGTAAATGATATCATATGTTTTTGGTCCCTATAAAATTGAAACATTTTAAGTTTAGTCCTTACTTAATTTTAATAGTGATTTTAGTCCATATAAAACAATTATGCACTCAGTTTTAGTCCATACTAAATCTAAATTTGTTTAATTATACTTAAACTTTTAAGATTTTGAACAATCTTTTGCACAAGTGTTAAGAATGTGACTATTAATCCTCACAAAAATAAACATTGAGACCTCTTTGAGTCCCTTACAAGATAAAAATGTGACTATTAATCCTCACAAAAATAAACATGACATTTGGTCCTTAATTAAACCTTTTATGGTTATTTTTGGCGACATGTGATTCATCCAACTAAGAAATACTCCCTCCGTCTCAAATTATAAACAAAAAAATATTTTCACACTTATTAAGAAACTAAAATATTGTAGTTTGTAGTATGACTTCTTGTGTTATCTTTGGAATAAGTTTCATAGAAAGATATAAAATCAATTTTCATTGGTTATTAGTTATAGAGAAAATTGAAAGAGAAAACATAGTAAATGCAAATTGCATTTAATTTCTCTTTGGAAAAGATGATTTTTTGAAAAAATATAATTAAATATAATAAAAGTTAGTCTTTTTTACTTATAATTTACGACAAAGAAAATGAATTTAATTCCTTATAATTTGAGACGGAGGAGTATTATTAATCTTCAAATCTTATACCAGACTAACAGTGTTGCTAGGTAGCATATGGCTCTATGATTATATTTTGTATTGGTTTTGATTANGTAATAATTGTCTTCCTAAACATTTATATTGTTATCTTCCTAAACCTTTCTTGAAAATCCAGATAGCATGGTACGTACATACTCCACCGGGTGTAGCCAAGACTGTTGTCTATTTGGCTTCACAAAATGGGTNANGGNTTGATACNAGCCTACATCANTGCTTGCTTGCTAAAANAGCTTCNNTGAAGANAGANTNCNNNTTNNNCNNNTGNNNNNNCNTTNC 0 1 5' arm Medicago_truncatula mirnest 100 100 -71.8 ..........((((((((.(((((((((((((((((......((.((..((((((..(((((..((((((........)))))).)))))))..(((((.((((.(((.(((((....))))).)))(((.(((((..(((((((((.(((...........))).)))))))))((((((((......((((((((...)))))))).))))))))((((((((((...((((((.....((((......))))..))))))...)))))))))).))))).)))..)))))))))..))))..)).))..)))))))))))))))))))))))))......... (-71.8)