mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCGAAATA TNTTGGGAAGGAAAGGGGTAAT GAGAGTGNGTGTTTAGGTNTTGGGAAGGAAAGGGGTAATCGAGTAATTCCAGATAAAGAAAAAAAAAGTGGAGGGCATCATTGTCCAGTGATAAGGCTGACAAAATAGATCAAAATGTATACAATATTTGTATTGTCTAAATGTGTACTTTTGAAAAAAATTGTAAGCTCAATCGAGTCTAAAAATATACTTTTAAAGGTTTTCTTAGAAATGTGAACACAAATTATTATTGGAATATTTTCAGTCAAGTCTCATAAAACATCTATATGTACTCCCTCCGTCCCGAAATATAAGCAAAAAAAAC TTACGGCCGGGGGGGTCATGGGCGATGGCANCAAANGAGAGAGTGNGTGTTTAGGTNTTGGGAAGGAAAGGGGTAATCGAGTAATTCCAGATAAAGAAAAAAAAAGTGGAGGGCATCATTGTCCAGTGATAAGGCTGACAAAATAGATCAAAATGTATACAATATTTGTATTGTCTAAATGTGTACTTTTGAAAAAAATTGTAAGCTCAATCGAGTCTAAAAATATACTTTTAAAGGTTTTCTTAGAAATGTGAACACAAATTATTATTGGAATATTTTCAGTCAAGTCTCATAAAACATCTATATGTACTCCCTCCGTCCCGAAATATAAGCAAAAAAAACTCATTTCCTTTGTCCCG 4 1 3' arm Medicago_truncatula mirnest MIR1122 0.000005 osa-MIR1862a 0.00006 -57.6 .........((((((.((.((((((.(((..((((((..((.(((..((((.................))))(((((....))))).((.((.((((((((((((((..((((((((((.((((((....)))))).))..(((((((((((((((...(((.((.((((....)))).))..)))....))))))))))..((.((....)).)))))))...)))).))))..))))))..))).))))).))...))...))).)))))))).))).)))))).)).))))))........ (-57.6)