mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATATATAGGGACGGAGGGAG CCCTCCGTCCCTAATTATAAG TACGGCCGGGCCCTCCGTCCCTAATTATAAGACCCTTTTGAGAATTTTTTTTGTCCCTTTTTATAAGACCCCTTTGTTATTTCCAACTACATTAATTATTTCTTTACATACATGCCCCTATTTATTATACATCTTTTTCTTCAATCAACAATAAATATCATGTTGAAAAAATAAACTAACCTTCTTTCTTAAAGGATAAAATTGTTAAAACAATAGTGATTACAAACAACTTTAATACAAATATTCACTATCTTAATTCCCGCGATTTCGGCAAAAGGGTCTTATATATAGGGACGGAGGGAGTACATGC TTACGGCCGGGCCCTCCGTCCCTAATTATAAGACCCTTTTGAGAATTTTTTTTGTCCCTTTTTATAAGACCCCTTTGTTATTTCCAACTACATTAATTATTTCTTTACATACATGCCCCTATTTATTATACATCTTTTTCTTCAATCAACAATAAATATCATGTTGAAAAAATAAACTAACCTTCTTTCTTAAAGGATAAAATTGTTAAAACAATAGTGATTACAAACAACTTTAATACAAATATTCACTATCTTAATTCCCGCGATTTCGGCAAAAGGGTCTTATATATAGGGACGGAGGGAGTACATGCAAGGGTCGAGGTTCGAACCCCGGACATCCTATTTCTCCATATTTAAAATGTGTGAACTCCAGCCACTAGGCTACTTG 4 0 3' arm Medicago_truncatula mirnest MIR1122 0.00002 100 -63.9 ....((....(((((((((((((..(((((((((((((((.(((.((.((((((((...((((.((((.......(((..................(((((.((((...(((((....((((((((.......................)))))))).))))))))).))))))))......))))...))))))))))))..(((((....(((((((.((...................)).))))))).)))))......)).)))..)))))))))))))))..))))))))))))).))...... (-63.9)