mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCATGGATCCCTACCATGTGG ACATGGTCGGTATCCCTGGAA GATTCGCTACTGCAATTGTTGTTTTACCCGCTCCTCCCATCCCATGGATCCCTACCATGTGGACTCCATCATCATCAGATCCAATCTTGTGATAATAGAGTCACATGGTCGGTATCCCTGGAATGGAGGATCAGGTAAAACAACTTTTGCTTTAGAAATGA ACACATTAGACTTCATCCATCCCATACATCTAGTTAGTCATACCGATAGGCGAGAGAGATTCGCTACTGCAATTGTTGTTTTACCCGCTCCTCCCATCCCATGGATCCCTACCATGTGGACTCCATCATCATCAGATCCAATCTTGTGATAATAGAGTCACATGGTCGGTATCCCTGGAATGGAGGATCAGGTAAAACAACTTTTGCTTTAGAAATGATTCATTTCTCATCACCTTCATCAGGTGTGGGGCAAAAAAAATTGGACAGAACAAGCATTGTTAAGATTATGTGGTGTTCATGTGGTGTCCTGTTCTATTCTGTTCTGTATGTGGGATGATTTGATGATTATGTGTCCTTCAAATGAAGATTGTGTTTACACAAAGTATAAAGGTGTTGTAAATCACAAATGGAGGAATACCAATGTGTAAAATTGTGTTGTTATGAAATGAACCTACACAAAGTTAAACTAATATGGCGCTTTCATGAGGAATATCAATGTGTAAAATTGTGTTGTGCCTTATGAAATGAAGCAACGCAAGGTTGACTAATATGGTGCTTTCATGGAGAACTTGGTGGAAATGAGCACCAAGTTTCACGGACTTTTTCAAACTACAGTTTTTGTGTTTTACAACATTTCTGCGAATATACTTAAACTTTGTTTCTCTTATTTTGATGTTTAAAGGGGGCTCCGTCTCCGATCTGTATAGGTCTCCCATCGTGAGAGACTTCTTTTTTGACTTTTGGAAAATGAACAGAGTCTTTGGATAAATTCAATGGTCGAGTAAAAACT 4 0 5' arm Medicago_truncatula mirnest 100 mtr-MIR1510b 9e-86 -65.5 ......(((..((((..(((((((((((...((((((.((.(((.((((.((.((((((((.((((.((.(((((.((((...)))).))))).)).)))))))))))).)).)))).))).))))))))...)))))))))))..))))..)))...... (-65.5)