mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGATGCAGCGGTTCATCGAT CGATAAACCTCTGCATCCAGC GAAGTTCGTCACTGGATGCAGCGGTTCATCGATCTGTTCCTGAATTTTGTTTGTCTCGTAAAACAAACATGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTCACTTT CAGTTAATTTCTTTGGTTCAGTTTATATTTGTGGATTTGGATATTTATGTTTCAGATCTACGTTTCTCACTTCATCAGATCTATAAATTGAATTGAAATTGTTGTTGTTGATAGTGTAAAATAGTATAGAATAGAGATGAGGTGAAGTTCGTCACTGGATGCAGCGGTTCATCGATCTGTTCCTGAATTTTGTTTGTCTCGTAAAACAAACATGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTCACTTTCCCCTCTCTTCGTTATTTCTCTCTTATTTTTATTTTATTTTATGTTTTGATTTGTTTTTACCTTTTTAATTTAACCTAATTGCTTTTGGTTGTTCTACTTTAATCGTTGCTGAACATATTATTTTCTGATTAGTTCTCTTGATGTTGCTGTTTTGAACGAGAACATACCATTTAGCTATGTGGCTTTCTTTTTTTCCTTTTCTGTGTCCTGGATTTTCGGTTGAGTT 2 0 5' arm Medicago_truncatula mirnest MIR162_2 1e-44 mtr-MIR162 1e-56 -40.2 (((((..((..((((((((((.((((.(((((((.((((.((...(((((((........))))))))).)))).))))))).)))).)))))))))).))..))))) (-40.2)