mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCAG GGATGCAGCGGTTCATCGATC AAGTTCGTCACTGGATGCAGCGGTTCATCGATCTGTTCCTGAATTTTGTTTGTCTCGTAAAACAAACATGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTCACTT CAGTTAATTTCTTTGGTTCAGTTTATATTTGTGGATTTGGATATTTATGTTTCAGATCTACGTTTCTCACTTCATCAGATCTATAAATTGAATTGAAATTGTTGTTGTTGATAGTGTAAAATAGTATAGAATAGAGATGAGGTGAAGTTCGTCACTGGATGCAGCGGTTCATCGATCTGTTCCTGAATTTTGTTTGTCTCGTAAAACAAACATGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTCACTTTCCCCTCTCTTCGTTATTTCTCTCTTATTTTTATTTTATTTTATGTTTTGATTTGTTTTTACCTTTTTAATTTAACCTAATTGCTTTTGGTTGTTCTACTTTAATCGTTGCTGAACATATTATTTTCTGATTAGTTCTCTTGATGTTGCTGTTTTGAACGAGAACATACCATTTAGCTATGTGGCTTTCTTTTTTTCCTTTTCTGTGTCCTGGATTTTCGGTTGAGTT 2 0 3' arm Medicago_truncatula mirnest MIR162_2 9e-45 mtr-MIR162 2e-55 -39.1 ((((..((..((((((((((.((((.(((((((.((((.((...(((((((........))))))))).)))).))))))).)))).)))))))))).))..)))) (-39.1)