mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCTGCTTAGCTATGGGTCCC CTTCCATATCTAGGGAGCCTT TTGATGTTAGGGTTTAAAGGGGTGGAGCTTCCTTTAGTCCAAATATGGATCTTGCTATGTTGATAGAGCTGCTTAGCTATGGGTCCCTCAACTCTACCCATCTTGTTCTTTGTGGTAGTTTTGTGGCTTCCATATCTAGGGAGCCTTATCACCTTTAGTTTAATCTTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATCTTGCTCTCTTACTTTA GTGGTATTGAGTTAGTTTAACTTCTGGTCTTTACTTTTTCCTTTTTATCTATTTGGAGAAGGTACTACCTTATAGATCTCAAAGTCCATCGTCATCAAAATATTGTGATGGATCTGATCTGAGACATGAGATCTAGTCTCTAGATTTTTTTGCAGTTAATTATTTTCTTTTTCCTATTTTTGTTAATTTCTCTATGATTCTCATATTTTCTAAACGATTTTTGCAGCTAATATTTTTTTGACTAGATTTACTTATTTTAAATTTTACTTTATACAAAATAAAATCTAAATTATTTCAATGAAGGTGAAGCTTTGATGTTAGGGTTTAAAGGGGTGGAGCTTCCTTTAGTCCAAATATGGATCTTGCTATGTTGATAGAGCTGCTTAGCTATGGGTCCCTCAACTCTACCCATCTTGTTCTTTGTGGTAGTTTTGTGGCTTCCATATCTAGGGAGCCTTATCACCTTTAGTTTAATCTTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATCTTGCTCTCTTACTTTAATTTTACATTTCTTAATATTTCAAGCCCTAGTTATTTAATCTCATCTTAATTCTATTGATTTATTCAGTTTGCTCAAAATCCAGTGCTTAAATTCTTTAAAGTATTATCTTTAGTCTAGATCTACCCTAGATCTGGGAAATCTTTGATGG 5 0 5' arm Medicago_truncatula mirnest MIR159 0.00000001 mtr-MIR159a 4e-101 -74.4 ..((.((.((((....((((.((((((((((((((((((((((...((((...((((...((((((.(((.(((((.((((((..((.(((..(((((((..........)).)))))..))).))..)))))).))))).))).))))))....))))...))))...)))))))))))))))))))))).))))...)))).)).)). (-74.4)