mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCTACTCCCTCCGTCCTAA GGGACGGAGGGAGTAATATA ATAAAAGTTGTGTCTACTCCCTCCGTCCTAAATTGTATGACGTTTTGAGCATTTCACACATATTAAGAAATGCAATTAATATTGTATGGAAAAAAGATATTATGAGTTGTTTTACAAAATTGTCCTTAATAAATAACATGAGAAAGATAAATGAAAGAATTGAAAGAAAAGATAGTAATAAATAGTTAAGGTTATAATAGAAAAAATAACATTAATGTTGCATTGGTATTGTAAAACGACATATAATTTGGGACATTTTTTTTCTTCCTAAAGCGACATACAATTTGGGACGGAGGGAGTAATATATTAGGAT CNNNNTTACGGCCGGNNNNATATAAAAAGTTAAAATTCACATGTGTGATTTGTACTTATGCATAGTTGACCGAAAAGCAGCCAACTCTATGATTAAATGGCGCTAATCAAAATCAGTTGTTTTGACAATGATCCTCGCTTTCGCTACGCTAAGAAACAATTTCGCTTAACCAAGTCATTGGCTATGAGTCGTCGACTTGTTCTTCAACGAGCACACGGTCAGAGCCAACAACTCATCCACTACTTGAGCTTATGTCTATTTCACTCGCCGACATGGTTTTTTCACTGTTACTTGCGGTAATAATTCACTATCTGTCATAACCATGGCTAATGGCCATAACTATGAATGAAGTAACCGTATCTATAGTCAATGATACGGGTGAAGGAACACTATTATTACTAGCACATATGAGTTTTCTTGAAGGTTTCATGTGGATGAACAATGTCAGGTTGAACTTTGAGGTAATGGGGGAAAGAGGAATAGGAATAAAAGTTGTGTCTACTCCCTCCGTCCTAAATTGTATGACGTTTTGAGCATTTCACACATATTAAGAAATGCAATTAATATTGTATGGAAAAAAGATATTATGAGTTGTTTTACAAAATTGTCCTTAATAAATAACATGAGAAAGATAAATGAAAGAATTGAAAGAAAAGATAGTAATAAATAGTTAAGGTTATAATAGAAAAAATAACATTAATGTTGCATTGGTATTGTAAAACGACATATAATTTGGGACATTTTTTTTCTTCCTAAAGCGACATACAATTTGGGACGGAGGGAGTAATATATTAGGATTAGAATGAAATGGTTTGTCTCAAATANTGAATNTGATTCAAAAATGGAAACGTGAAAACTACAAATTTCAAGTTTACTTTCNGAANGAAAAAAAAAGAAAANATTGAACTTGTGGATAAAATTTGTAGAGGAATAAAAATAATCATGTTTTGCTTGTGTNANATAGATTTTAGTATGTCTTTGNNNGGTNNACTCNNNNNNTANGGANANATTTNATA 0 1 5' arm Medicago_truncatula mirnest MIR1122 0.0003 100 -74.89 ........(((((.(((((((((((((((((((((((((.(((((((.(((((((...........)))))))...((......)).(((((((((((((((((.((((((((((((.((((((.((........................................)).))))))...((...(((((.(((((..........))))).))))).))((....)).)))))))))))).)))))).......)))))))))))...))))))).))))))))))))))))))))))))))))))....... (-74.89)