mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGCTTCTCTTTCTTGGCAGG TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG GCACGAGGTGGTGAAGAGTAAGCAAATCAGCTATAGGGCTTCTCTTTCTTGGCAGGAAATTATCATGACCATTCCATCATGTGTCTTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTTGCTGTTTTAGCTTAATGTGTATTCATCTTC GCACGAGGTGGTGAAGAGTAAGCAAATCAGCTATAGGGCTTCTCTTTCTTGGCAGGAAATTATCATGACCATTCCATCATGTGTCTTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTTGCTGTTTTAGCTTAATGTGTATTCATCTTCTATATGTTATGTTTTTTTAAAAAATGTTAGATGCAGGGGTCGAACTCTGAACCTTTTTCCGAGTACGCCTTCAACGTATCAATCTATTCGCTATGTTATTCATGTCCATCTGATACTTTCTTCTTCTTTATGATTTGCATTTTACAATGTTTGTCAAAGGAAGCAAGTAAATGGGAAAGTATTGAAACTATTGAAGTTTAAAAATGTAACACCACAGTTTCATTCCCTTTCTATTTTCAGCTCAAATTAGTATTGAAATGGAGAACAGTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 5' arm Medicago_truncatula mirnest mir-399 5e-47 pvu-MIR399a 1e-25 -53.8 ....(((((((.......(((((.((.((((.(((((((..((((((.(((((((((......(((((........)))))..))))))))).))))))..))))))).))))..)).)))))........))))))). (-53.8)