mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG GGGCTTCTCTTTCTTGGCAGG TGCCAAAAGAAGATGTGGTGAAGAGTAAGCAAATCAGCTATAGGGCTTCTCTTTCTTGGCAGGAAATTATCATGACCATTCCATCATGTGTCTTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTTGCTGTTTTAGCTTAATGTGTATTCATCTTCTATATGT GGGGGTTGTGCCAAAAGAAGATGTGGTGAAGAGTAAGCAAATCAGCTATAGGGCTTCTCTTTCTTGGCAGGAAATTATCATGACCATTCCATCATGTGTCTTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTTGCTGTTTTAGCTTAATGTGTATTCATCTTCTATATGTTATGTTTTTTTAAAAAATGTTAGATGCAGGGGTCGAACTCTGAACCTTTTTCCGAGTACGCCTTCAACGTATCAATCTATTCGCTATGTTATTCATGTCCATCTGATACTTTCTTCTTCTTTATGATTTGCATTTTACAATGTTTGTCAAAGGAAGCAAGTAAATGGGAAAGTATTGAAACTATTGAAGTTTAAAAATGTAACACCACAGTTTCATTCCCTTTCTATTTTCAGCTCAAATTAGTATTGAAATGGAGAACAGTTTTTAAAATGTAGTTTTTTCCCTTCAATTTTCTGTAATTAGGATTACATTAAGCAAAATATATATAAAC 3 0 3' arm Medicago_truncatula mirnest mir-399 6e-47 pvu-MIR399a 2e-25 -57.9 .......((((((((.((((.....(((((.((.((((.(((((((..((((((.(((((((((......(((((........)))))..))))))))).))))))..))))))).))))..)).))))).....))))))))))))...... (-57.9)