mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAAAGGGAGGTGTGGAGTAG ACTCCCTACTTTCCTTTGATT AGCAATGATGTTACTCCTATACTTTATTTTTTTTACACTAAGATACTCCCTACTTTCCTTTGATTGGAAATAAAGAGAGACAAAAAGGTAAATTTAATTTCTCTTCTTATGTCAATCAAAGGGAGGTGTGGAGTAGAGGTGTAAAAAGTAAAGTATAAGAATAATGTCATTGTAAAG CTGAGAACACAAGATTGATTAATCATATAATGTATTTGGTTGTTACTAGTTGATTTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGAGTCAACCTTGTTAACTGTGATTTTAATTTTTGATTGTAATTGCATTGTGATTATGAAATTTTTTATAGTAACACCTTTTCCTTTCCCACTGTATAAGTTTTTAGATTTCAGAAAATATTGCAGGTTGTTTGAAGGCAAATGTGAAAGGTATAAAAATAGCAATGATGTTACTCCTATACTTTATTTTTTTTACACTAAGATACTCCCTACTTTCCTTTGATTGGAAATAAAGAGAGACAAAAAGGTAAATTTAATTTCTCTTCTTATGTCAATCAAAGGGAGGTGTGGAGTAGAGGTGTAAAAAGTAAAGTATAAGAATAATGTCATTGTAAAGTTACATGTGGAAGAGGCCATTAGCACAATTTTAACAGCCCAATAGCACCATGATATTTTTTGACTGTTCAATCCAAGACTTATTGAAGCGTGATTGAAATGCGAAGTTGATTCACAACTTAAGAGAAGAATCGAGCAATGCTATGAAGGATGTTGATTACCTCCGAACAAATGTACGACACAAAGTTGGGATGGGAGGATAAAATACTTCAAGATGGAAAGATGATATCTCCAAACTCATTGTAAGGAATACTAGAAAGAGAGATGACATCCACAACGGGCTTGCAATCCAATTTGAACACATCAATTTGCATATTTCTTGGCATCGCCACTTTGATAGCTTTTAGAAGACAAACATCTTTTTCTTCTATGAAGGGGCACTGCTCCATGGAGTCTCTAAACACACATATACTCCA 2 0 3' arm Medicago_truncatula mirnest 100 mtr-MIR2119 1e-57 -71.3 .((((((((((((.((.((((((((((..((((((((((....((((((.(((((((((((((((((..((((.((((((...................)))))).)))).))))))))))))))))).))))))..)))))))))))))))))))).)).)))))))))))).... (-71.3)