mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGTTAATTAAGTTTTTAGT TAAAAGCTTATGGACTCGTA ATAAAACATAATATTTAATTTTATTGAATAAAGAGTTAATTAAGTTTTTAGTCCCTATAAATATTCACAGTTTTGTTTTTAGTCCCTACAAAATAAAATCACACTTTTTAGTCCCTGTGACATTTTCCTTAAGCATTTTAGGGACCAAAAATGTTGATGAAAATTTTTAACAGGGATTAAAAATACTGACGAAAATTTTTGACAGGGATTAAAAATACAACGTTTTTTTAATTGTGAAGTAAACCAAAACAACTGCAAGTGAATATTTAAGTAGTGTGATCGCAAGGTCTATGTTTCTGACACGCACGCACGCGCGCACTTGTACATATAAAAGCTTATGGACTCGTAAACTCATCATAGACTCGAGGGGGGGCCC TTTAAAAGGGTTTTGTTAACCGGTGCCTCCGAGGCACGGATTATGGAATTCAAAAGTAAAAAAATCTTACGGCTTAGTGTGGCTATAGCCACACCAATTTTTTTTACATATGAAGGATGTAATATTAATAAATGTTAACGAAACCTTACGGCTTATTTTATTCTAATTAGCAATTATTAAGGTTACAAATGAATTCGGGACAGTAAAACCAGCTCAAATAAAACTACTAGGGCTATTATTTTGGATGAAATAAAACATAATATTTAATTTTATTGAATAAAGAGTTAATTAAGTTTTTAGTCCCTATAAATATTCACAGTTTTGTTTTTAGTCCCTACAAAATAAAATCACACTTTTTAGTCCCTGTGACATTTTCCTTAAGCATTTTAGGGACCAAAAATGTTGATGAAAATTTTTAACAGGGATTAAAAATACTGACGAAAATTTTTGACAGGGATTAAAAATACAACGTTTTTTTAATTGTGAAGTAAACCAAAACAACTGCAAGTGAATATTTAAGTAGTGTGATCGCAAGGTCTATGTTTCTGACACGCACGCACGCGCGCACTTGTACATATAAAAGCTTATGGACTCGTAAACTCATCATAGACTCGAGGGGGGGCCCG 5 1 5' arm Medicago_truncatula mirnest 100 gma-MIR1525 6e-61 -83 ...........((((((((...))))))))..(((((...((((((((((.......(((((((((((.(((.((((((((((((((.(((((.....(((...((((((((((((((((((((((((((((.....)))))))....)))))))(((....)))....))))))))))))))...))).......)))))..)))))))))))))).)))....((.((.((((.............)))).)).))))))))))))).(((((((((((....))))..((((...))))(((......))).)))))...))...))))))))))..))))).....(((.((........))..)))..... (-83)