mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATCATCATGG CTGATGGAGAGGATGATGAAA AAACAATTTAATCATCATCATCATCATCATGGAGAAAGATAAACAAAGTAAGCTAAGGAACAAGTTCATGAAAGCAATCACAATAACATTTCAAAACGCTCCTTTCAGTCCAGGAAGAGATCACAAATTTAGATCAGAAAATAGTAATACAAAGTGGGGTGCAAAAACTCATGCTGTTGGTAAGGGTTTTTCTGGACCTATGGTTACTATGATTCCATATGAAGCTAGAAGAAAACCTAAAGATGGTGGTGGCAATGAAACTCAAGAACCCACTTCACCAAAGATTTCTTGTATGGGACAGATCAAGCATCACAAGAAGAAAAATATTCCAAAACCCAACAAAGATCTCTTCACTCCAAAGGTGGATACTGAGGTAAAGAGATCCAAGTTTCAGAGGATTTTTTCGCAGAGGTCTAAAGCAAAATTTGCGGAAAGGAAATCAGATGGTTCTGGATTTGTTGATGAAGGGAACAACAAAGCACCGCCTATGGGTGATATGAGGAGATTTGCAAGTGGACGTGAGGCTTTTTCTAAATTTGATTGGAAGGCAGTGATTGAGCCTGAAGAAATTGGATCAAAGGGAATGTTTTACTGATGGAGAGGATGATGAAATTTTGATT CACATAAAGCTATCTATCTATCTATATATAGTATCTACCTTTGTGACTCAAATCAAATCCAACAAACAATTTAATCATCATCATCATCATCATGGAGAAAGATAAACAAAGTAAGCTAAGGAACAAGTTCATGAAAGCAATCACAATAACATTTCAAAACGCTCCTTTCAGTCCAGGAAGAGATCACAAATTTAGATCAGAAAATAGTAATACAAAGTGGGGTGCAAAAACTCATGCTGTTGGTAAGGGTTTTTCTGGACCTATGGTTACTATGATTCCATATGAAGCTAGAAGAAAACCTAAAGATGGTGGTGGCAATGAAACTCAAGAACCCACTTCACCAAAGATTTCTTGTATGGGACAGATCAAGCATCACAAGAAGAAAAATATTCCAAAACCCAACAAAGATCTCTTCACTCCAAAGGTGGATACTGAGGTAAAGAGATCCAAGTTTCAGAGGATTTTTTCGCAGAGGTCTAAAGCAAAATTTGCGGAAAGGAAATCAGATGGTTCTGGATTTGTTGATGAAGGGAACAACAAAGCACCGCCTATGGGTGATATGAGGAGATTTGCAAGTGGACGTGAGGCTTTTTCTAAATTTGATTGGAAGGCAGTGATTGAGCCTGAAGAAATTGGATCAAAGGGAATGTTTTACTGATGGAGAGGATGATGAAATTTTGATTCCATTTTCTGCACCTATTTTAAGTGTTGGTGGAAATACTAC 5 0 5' arm Medicago_truncatula mirnest 100 100 -133.2 ...........((((((((.((.((((((....((((..............(((...(((....))).....))).............))))((((((.((((((..((((((..((.((((((...(((.(((((((..((((((((.....(((((.((.((((((((.((((...)))).)))))))).))..))))).))))))))..((((((((........((((((.........(((((((((...(((...))).....)))))..))))....)))))))))))))).(((..((((.((((..(((........)))......(((....(((((((((((.((((.((((((.(((....))).....(((((.(..(((...((((((((((((((.((.....))....))))))))...))))))...)))..))))))((((((..........))))))....)))))).)))).....))))))))))).....)))..)))).))))..)))...)))))))..)))...))))))....)).......))))))..)))))).))))))..)))))).)).)))))))).......... (-133.2)