mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACCGGGTGAACAGAAATTC ATTTCTGATCACTTCGTCGTC TTAATAACGTATATAAGCGGATCACCGGGTGAACAGAAATTCGTGTTACGAAAATTAAGGAGATTTCATAAGAAATATATTATCGTTTATTATGTTTTTTATGATAATCCCACAATTTTTGAAACACGGATTTCTGATCACTTCGTCGTCGTATATACCACATCAAAT ACGCCGTAAAAACATATATTATGAATGACCTATCTCGTATTAACAGTAAAACATGTTAACAAATATGAGATTATCGATTTTTTTTTCTTATACCTAATAATATTTTACACTATGCTGTATTGCTGTATCATAATAATTAATAACGTATATAAGCGGATCACCGGGTGAACAGAAATTCGTGTTACGAAAATTAAGGAGATTTCATAAGAAATATATTATCGTTTATTATGTTTTTTATGATAATCCCACAATTTTTGAAACACGGATTTCTGATCACTTCGTCGTCGTATATACCACATCAAATTATAACACCACTGT 3 0 5' arm Acyrthosiphon_pisum mirnest 100 100 -54.7 ........(((((((....(((.((.((((((.((((((((((((((.((((((((..((.((((((((((((((((((.((.....)).)))))))))))))).))))))..)))))))).)))))))))))))).)))))).)).))).))))))).......... (-54.7)