mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACAATTTGTTTCTTTGTATTT GTAAAAGAAATTCATTGTTA TCAAATCTGTTCCATCTTATATGTAAAAGAAATTCATTGTTAATTCTGGTTTTCGTGTGTGTACAACATTGTCCTCATTGGCGGTGTGTTTTATTTCATGATCACTACAGAAATCACAACAATTTGTTTCTTTGTATTTTGTTGATCCTGTCAGAGCC ACACGCGTCCGTCTGTGTGTAGACGTGAGAATGTTCTTCAAATCTGTTCCATCTTATATGTAAAAGAAATTCATTGTTAATTCTGGTTTTCGTGTGTGTACAACATTGTCCTCATTGGCGGTGTGTTTTATTTCATGATCACTACAGAAATCACAACAATTTGTTTCTTTGTATTTTGTTGATCCTGTCAGAGCCAAACAAGAAAATTTAAGAATGTATTGGCCTCCTTCTACTTATTTCAAATTTGGAAGTAGGCAGACATAAAAAAAATCATGATCTTTCACCTTCTTATTGGAATCCCACTCTGAAATTGCCCCCTTGTTCCGGAGGTGCTCCCAGAATGCTGCAGTGATGATGTCATCCCGATNATGTTCTGCTTTCTCTCGAATGATTTTGACATCGTACCGAGACAAGCCACGCACTTACTGGAGGTTGTCATCAGTCCAGTGTTTACCCTTTTATTAACCTCAATACATCACAAGACTCAAAAGTGATATCCATCTCACAGTCAGTATGATTATATTGAGTTTGTGTTCAGTATAGCTCAGCTTATTTCTGACTTGCTGTAAGCGTTTTGTGTTTGGTCATGAGAACACTCATCATCACCAT 4 1 3' arm Strongylocentrotus_purpuratus mirnest 100 100 -31.2 .....((((....(((..(((.(((((((((((..((((((..(((((....(((((.(((.(((.(((((((......))))))))))..)))..)))))......))))).....))))))..)))))))).)))..))).))).....))))... (-31.2)