mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCATTGGTGTTTGTGAAAG GTTATAAACAATGATGTATACC CTGCTCTTGTGCAACAGCAGTTTACTCTTGTGTGTGAGTTTTTATTAGAGGTGTCATTGGTGTTTGTGAAAGTTTGAATTTGAATATTTTATGTGGAAATCATGTTATAAACAATGATGTATACCATAGAATGTTTACCGGTATATGGGAGATTTACTGTTGCATATTGTTCA CGGACGCGTGGGATCGTGCCTTAACCAAGCACCAAGATGCAATTGTTTGTCCGAGCTGACCCGTCCCACACCCTTGAGGTGACTGGTGAAGAATCTATTGCTGATCTGAAGGCTAAGATCCAGGAGCTGTCCGGCTTCTCAGCCTCTGAGCAGGTCCTGTCCTGCTGTGGCGCACCTCTGGATGAGGACATCTCCCTCTCCCAGAATGGACTTGTTGACCTGATGACCCTTGAGCTCTCCGGACGTCTGCTCGGAGGAAAAGTTCACGGTTCCCTCGCTCGTGCTGGTAAAGTGCGAGGTCAGACCCCCAAGGTTGACCCCCAGGAGAAGAAGAAGAAGAAGGTCGGACGTGCCAAGCGCCGCATGCAGTACAACCGCCGATTCGTCAACGTTGTTCAGACCTTCGGCAAGAGGCGTGGACCCAACTCCAACTCCTAAGCTGTCATTCCCTGTCAGAGAATGTTGCATAAAACAAATTGTAAAATAGTCGATGTGTTGATCAGATAATAAAACCTAGTCTGCTCTTGTGCAACAGCAGTTTACTCTTGTGTGTGAGTTTTTATTAGAGGTGTCATTGGTGTTTGTGAAAGTTTGAATTTGAATATTTTATGTGGAAATCATGTTATAAACAATGATGTATACCATAGAATGTTTACCGGTATATGGGAGATTTACTGTTGCATATTGTTCATATTCCATTATTTATGATATGTACATATGTGTGAGAAATGTTTTTCATATCGTCTCTTTGACTTGTGTTACCCTGAACTACTTGAAAATCAGTATTAAATGTCACCTAGTGCTCATAGTTTTAAGCATGTACTGTGAATGATAATAATGTGATAGTATTTTTGGCTTGGTATCAGTTCATGGATGTAGGTGGTATGATTGTTTGATTTGACAAAAAAGGGAAGTGTGATTAATGGACGAATGTG 4 1 5' arm Strongylocentrotus_purpuratus mirnest 100 100 -39.2 ..((...((((((((((.((....((((((((((...((...((((...((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((((...)))).))).)))..))))))))).))))).)))))....))))...))...))))))))))..)).))))))))))..))... (-39.2)