mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACGCACGCACACACGCACAC GTTNGTGTGTGTGTCGCGGTC ATAAGCACGCACACGCACGCACACACGCACACAATGGTTNGTGTGTGTGTCGCGGTCGCATGGGA CCACGCGTCCGATAAATTTAAACAATTTTGATTTATTTCTCCAAATACGTAATACAAAGAATAACAGACAATTGAACAAAAGAAACGTTTTCAATATTGATTGCTTATTCATCAAAATAATTAAACCAAATCTTATTTGCAGTATATATATATAGCAACAGAGTAACATATAAGTACCTAAACATAATATATCTGTCAATTGTAAATGTTATTCACTTATATTAAAAATTTAAAAAAATTAAACAAATCTGGAGGTAATTTTACTGGAACAATGACTGCTCCTCCCTGCCCCCCTCCCTCACACAAAACACACCCACCCACACGCATACTCACGCGTACACCCCCCCCCCACACACACATACATTCTAATAAGTGGATGTCTGCTAACATTCTCAACTCAAGAAAAATATACTAAATAAGTACGTTAACCAGGCAGCAAATCCACTTTTAAAACGCTCACGGTGGTGAAGAAAAATCTTAATTAACACTAAGCTGCTCCCACTTTAAGAAATGTGATCCCAGCTTTCCCATTTCAATAGCTAATTTCTTTTTCTCATCTCTATACTTAAAAATGCTNNTCTTCATCTTTTCTAAAGTGGGACTCTCCCCCCGGATCTTGAAATAAATGTAACATACTTCACCATGAAAAATATAGTATTACACATTNNTATTCTACANTGAATACCTTGCCAACCTAACAAAATATCTCGCCACTCTAAATCACACACACTAACACGCACAAACACACACATAAGCACGCACACGCACGCACACACGCACACAATGGTTNGTGTGTGTGTCGCGGTCGCATGGGAGGCGGTCGAGGTGTGTTNGNTTGAAGGGGTATTNACTTATATACTCTCCTCTCACCCGACCTCCATCGTTCCACATGCATTAAACATGTCGGAATAAAGGTGTCTTCACAATGTTGTGTTGTGCTGGACTCAAAAGGAATCTCTCG 4 2 5' arm Strongylocentrotus_purpuratus mirnest 100 100 -24.8 .....((.((((.(((((((((((((..((......))..)))))))))).))))).)).))... (-24.8)