mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGTGTGTGAATGTCCAT GGATAGATATACACTACATT AAATGTGTATGTGTGTGTGTGTGAATGTCCATGTGTATGGATAGATATACACTACATTGTGTAATT AAATGAATTAACTCAATGAAGATATAAATGTGTATGTGTGTGTGTGTGAATGTCCATGTGTATGGATAGATATACACTACATTGTGTAATTTATTGCTTTAAAATTCTTTTCAATGCTTTATTTACAGGTCTATTTTCATAAATAATGTAATGGTAGACATTATTAATTTACCTGTTTAAATCCAAGTTGTTAAATGGAAATACCCTTTCCTTTTATCCTTCCTTGGTTGGTTAACTAATTCCCCAAAATAAACGGTTCTTTTCTTGGTTTTCTTTCTGGCAATTCCTTTGGTTTATTACCAGATTAAGGGCCTGGTTAACTAAGGGGGGGGATTCCGGAAAAAGGTTGGATTCAATTTAAGGCTTCGGTTGGTGGGGTTTGGTTTCCTTTCAATTAACCTTAATTAATTATTTTGGAAAGGAATATTGGTGGAAAAAAAAAAAANNNAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 1 5' arm Schistosoma_japonicum mirnest 100 100 -17.7 ..........(((((.(((((((..(((((((....)))))))..))))))))))))......... (-17.7)