mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCATTTGCACCTGCATCTTA AGGTGCAGGTGCAAGTGCAGG ATTATGCATGCCAATATGTTGCCTTATCTGCATTTGCACCTGCATCTTATGCGTTGGTTTCGTTTTTGACTCCACAAACAAAATCAAGTTCTGTCGATACAGTATGTGGGACAATGGACATATGGAAACTAATAAGCTTAGTTGAGGTGCAGGTGCAAGTGCAGGTGAATGCCATGTTGGTAATGTTTTC CTCATTGTATATAATACTACTAGTTATAGAGAGTGAGTGACAACTAGTAGCTAGCAGTTGTTTGATATAATATGATAAACAGGCTGCAGGTCATACAGGCAATATTATGCATGCCAATATGTTGCCTTATCTGCATTTGCACCTGCATCTTATGCGTTGGTTTCGTTTTTGACTCCACAAACAAAATCAAGTTCTGTCGATACAGTATGTGGGACAATGGACATATGGAAACTAATAAGCTTAGTTGAGGTGCAGGTGCAAGTGCAGGTGAATGCCATGTTGGTAATGTTTTCACTCCCATATAT 0 0 5' arm Populus_trichocarpa mirnest MIR530 4e-70 ptc-MIR530b 2e-71 -67.3 .....(((((((((((((..((.((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((.((.(((..((((((.((...(((..........)))...)).)))))).))).)).......)))))))))..)).....))))))))))))))))))))))))))..))))))))))).)))).... (-67.3)