mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTCATCATCATCATCTTGT AGGATGAATGGTGAGAAGAGA ATGGAAGAAAGGATGAATGGTGAGAAGAGAGGAAAGATATGAAGCTGAATTAGCAGAATTGTAATATGAAACTGAACGCGGTTCCTTCATCGTGTAATTCCTTTGTAGTAGGTGGAGACTGCAGTCACAATGCTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCATCTTCATCATCATCATCTTGTCATAGG GAGAAATGGAAGAAAGGATGAATGGTGAGAAGAGAGGAAAGATATGAAGCTGAATTAGCAGAATTGTAATATGAAACTGAACGCGGTTCCTTCATCGTGTAATTCCTTTGTAGTAGGTGGAGACTGCAGTCACAATGCTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCATCTTCATCATCATCATCTTGTCATAGGCAAAACATTGTTATAGTTGCCAACAAAAGCAGGAAACAGCACGAGACTCAGGGTTCCGAATCCACTCCTCCAAGAATCACATCCAACGTCAAGCAAAATCTCCGCTTCCTAAAGCTATGGAAGAGCTTCCAAAATAGAAATTCTGCTACTCCCCGACCTTCAACCAGTTACCGCAAGAAGAAGGTGGAGAAGGATGAGGATGTTGTAGACACCGAGCTCTATCGTGACCCCACCTCCTCTCTCTACTATACAAACCAGGTGGGTATAGACAATGCCGTCCCTGTATTGCTTGTGGATGGCTATAATGTCTGCGGCTATTGGATGAAACTCAAGAAACATTTCATGAAAGGAAGACTTGATATTGCTCGCCAAAAGCTAATTGACGAGCTTGTAACCTTCAGCATGCTTAGAGAGGTCAAAGTGGTTGTTGTCTTTGATGCTATGATGTCTGGATTCCCTACCCACAAGGAAGATTTCGCTGGTCTTGATATTATTTTCTCAGGGGAAACATGCGCTGATACATGGATTGAAAAAGAGGTTGCAGCTTTAAAGGAGGATGGTTGCCCCAAAGTCTGGGTAGTCACTTCTGATCATTGCCATCAGCAAGCAGCACATGGAGCTGGAGCCTTTATTTGGAGTTGCAAGGCTTTGTAACTGAGATCCACTTCTTT 1 2 3' arm Phaseolus_vulgaris mirnest 100 100 -47.8 ......((.(((((((.((((((((((((((((((((...((((..(((..((((((((((((..(((((((((....))))...)))))..))))))))..(((((((........)))))))......))))..)))..)))).)))..)))))).))))).))))))))))))).))..... (-47.8)