mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCTTCATCATCATCCTTA TAGGTGTTGGTGGTGGAGAGAGTT CAAGCTCATCATCATCTTCATCATCATCCTTATCCTTATCATCAACCAGTGCTCACAATTCGCGGAAAAAATGGTCGAATCTGTTGCCGCTGTTTCTAGTTCTAGTGTTTATAGCGGAGATCAGTTTTTTAGGTCGCTTAGATTTGACTAAGAATGCTGATCTGCTCAATTCATGGACCGAATCGTTCTATCAGTTTACCACGTCTTCATTTTCATCTAATTCGATTGATTCGATGGATGAGGATCCGATTTTGGGGGTTTCTGGTGCAGTGGATTTAGGTGTTGGTGGTGGAGAGAGTTGTGAGGAG CGGGCACCATATGAATATTCTAGCATAGACCTAGACTTTGTGTTTCTGATCCATCATTCTTCATACTCTTCACTTTAACCCTAATTTCTTCTTCATATGCTTCTGCTCTACATCAACTTCAATTTCTTCAATTCAATTCATCAATTATGAGCTTCTTAAACCCTAACCACAGGCCATCAAGATCAACCACATCAGTTCACCATCTACCTACATCCAGCGTCGCATCAAGCTCATCATCATCTTCATCATCATCCTTATCCTTATCATCAACCAGTGCTCACAATTCGCGGAAAAAATGGTCGAATCTGTTGCCGCTGTTTCTAGTTCTAGTGTTTATAGCGGAGATCAGTTTTTTAGGTCGCTTAGATTTGACTAAGAATGCTGATCTGCTCAATTCATGGACCGAATCGTTCTATCAGTTTACCACGTCTTCATTTTCATCTAATTCGATTGATTCGATGGATGAGGATCCGATTTTGGGGGTTTCTGGTGCAGTGGATTTAGGTGTTGGTGGTGGAGAGAGTTGTGAGGAGTGGTTGGAGAGAGTTGATTCTGTTGTGTATGGTAGGGATTTTAAAAAGGAGCCTGTGCTTGTTACTGGTGCTGAGCAGGAGTGGAGGTCTTGTGCTGTGGAATGCAAGTTTGGGTTTGACAATAATAAAAAGGCTGATGCTGCATTTGGGTTGCCCCATGGAGGTGGTACAGCTGGCGTTCTTCGATCAATGGAATCCGCTCAATACTATCCTGAGAATAATCTTGATTTGGCACGACGAANAGGGTACAACATCATTATGACAACCAGTCTCTCCTCAGATGTTCCTGTTGGTTATTTTTCATGGGCAG 4 2 5' arm Helianthus_tuberosus mirnest 100 100 -87.2 ....(((((.((..((((((((((((.(((.((((.........(((((.((((.(((.(((.((.(((.((((.(((.((.(((.(((((((..(((....))).....)))))))((((((((.((((.(((((........))))).)))).))))))))...((.....))))).)).)))..))))...))).))..(((((((..((((((.((((.....)))).))))))))))))).)))..))).))))..))))).....))))..)))...))))))))))))..)).)))))... (-87.2)