mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCATGGAGTTGCTCTCTTT AGGGAGCATTCACTGACCGT AGCGGATCTGACCTAACGATGAAGGGAGCATTCACTGACCGTCTGAATATAAGCACTGTCATGGAGTTGCTCTCTTTATTGAAGGTCTTTCATCAA TCGAGGAAAATTTGATACAGAATTTAAGGTGCGACGCCTTTGTTTTAAATGACAAAGTTCAACAAAATATTGGACTGAGAGGAAGGATGTTTAACTGACGACAAAGCATTTCTTATTTGATATTGTTTATCTGTAATTATTATAGCCAAAGAAACAACGGTAATTATATACAGCTATTATTTGAGCATTAAAGATCAAAATTCATTGAACATAAATTCCTGCCACCACTGTCCTTCCTATATTTTACATCGTGAGGGGCAATATTACTTGGAAGAACACCAGCAGGATTGATGTGAAGGACGCCATGGGTTCAAACCAGCGGATCTGACCTAACGATGAAGGGAGCATTCACTGACCGTCTGAATATAAGCACTGTCATGGAGTTGCTCTCTTTATTGAAGGTCTTTCATCAACACAGAGGACGAGAAAGGTGATGGTTTTCAATGTCCCGTGCAGTAATCTTCTCAGAGGAATATAAAAACAACAACAGGTATTGCTTGTTATCTTCAAGGAAAAGATCATTTAGTACTTGCAGATTTATCAGCGAAAGTTCTAGGCAGTGAATTTTGCAGAAGCAGTGAAATCATGCACTTCGAATTCGTCATCATTTATTTGTGTTTAGATTGAATATTGTATTAAGATGACAGTGTTCCGATATCACCACTCCATGATGTAATTTTAAAAGGGCATACGATACAGTTACAGGGGAGGTTATGACGTTGCTAACGTAAATTGTTTTTTTCCGCGACGTCAAACTGTGACTTATTCGGAAAAGATGCAGTTTTTCAACTGGATTTTTATCATTCAAACTGATTTAACTTGAAAGCAAAATCAAGGACCCCGCTTTTTTTAAAATGACTTTTTGGTTGCTTTACCAAGGAAAATTAATTGTACCCAATTTTCCTGAAAAAAGCCAAAAGGGGCTTTTTTTTTTTAAATTTAGAAAAATACCCCCCAAAAAGGGACGTTTTTTTTTCCCAACTTTTGGAATTTTTGAAAAAAAAATGGGGTTTTTTTGAAAAAAAAAATTCCCCAATTT 3 1 3' arm Mytilus_californianus mirnest mir-281 0.000001 bmo-mir-281 0.00000002 -32.9 ...(((...(((((..(((((((((((((((((..((((.((((.......)).)).))))..))).)))))))))))))).))))).)))..... (-32.9)