mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGAATGGTTTAGTGAGATC TCAAACTTGATCATTTAGAGG CGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGATCTCGGGATTGGAGACGTTGCGCCGCAAGGCACATCGTCCTCGAGAACTTGATCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAA AGAAATCAAAGACTTCGGGTTCCGGGGGGAGTATGTTCGCAAGAATGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAACCTGCGGTTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCAGGTCCAGACATAGGAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGTGACACGGCTCTTTGAGCCGTGGTTCACTTCTTAGAGGGACTATCGGCTTCAAGCCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCACACGCGCGTTACACTGATGAAGCCAGCGAGTATATCGCCTTCACCGGAAGGTGCGGGTAATCTTGTGAAACTTCATCGTGCTGGGGATAGACCATTGCAATTTTTGGTCTTGAACGAGGAATTCCTAGTAAGCATGAGTCATCAACTCGTGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGATCTCGGGATTGGAGACGTTGCGCCGCAAGGCACATCGTCCTCGAGAACTTGATCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAACGAATCCAATCTTACCTGCCTTAGCGGTTCAATTGATGCTGTCTTCGGGGTTGGCCTAACCGCCATTAAATCGCCAGTGGGAAAACGAGTAACGTATAGCTGCACCTTGCGGTGCAGGTGTGCGTCACTCGCGGCGTGCCCCGTGTTAGAAAAAAAAAAAAAA 4 0 5' arm Pleurobrachia_pileus mirnest SSU_rRNA_eukarya 1e-28 100 -37.8 ...((((.((..((((((((((.(((..((((..((..((((.((((.((.(((....))).)).)))).))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))... (-37.8)