mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCCGAGACGAATCTTTTGACC TATTAGGATTAGTTTTGTGTAA TCCAAATTGCCGAGACGAATCTTTTGACCCTAATTACNCCATGATTTTACCATATGATGCTACAGTAAACACTTTGCTAATAACAGATTAATTAGGCTTAATAAATTTATCTCGTAGTTTCCTGGCAGAATCTGTAATTTGTTTTATTATTGGACTACGTTTAATTCCTTCAAATGTGTGTTCATATACTTCNAAATTTTTACACCTAAACAACTAAACNCGGCCATAATAGTTATATAACTAATATAAATCTTTTTTTTCGGAAGCTTAAAGTAACTATAGGAATCGAAGTAAAAAAAGCTTGAGATGGAAATGACCNAACAAACCACATGCACCAGAAAAAAGGAAAAATAGAAGGGTATTAGGATTAGTTTTGTGTAAATGGA TCCAAATTGCCGAGACGAATCTTTTGACCCTAATTACNCCATGATTTTACCATATGATGCTACAGTAAACACTTTGCTAATAACAGATTAATTAGGCTTAATAAATTTATCTCGTAGTTTCCTGGCAGAATCTGTAATTTGTTTTATTATTGGACTACGTTTAATTCCTTCAAATGTGTGTTCATATACTTCNAAATTTTTACACCTAAACAACTAAACNCGGCCATAATAGTTATATAACTAATATAAATCTTTTTTTTCGGAAGCTTAAAGTAACTATAGGAATCGAAGTAAAAAAAGCTTGAGATGGAAATGACCNAACAAACCACATGCACCAGAAAAAAGGAAAAATAGAAGGGTATTAGGATTAGTTTTGTGTAAATGGACCAAAAACAAGATTTGGTTTGTGTAAACAGACAAAAAAGTTGGAAACGGACAAAAAAAAAAAATCCATCGGACAGAAAGAGAGAAAAAAAGTGAAAAGGGACAAAAAAAAAAAAAAAA 4 1 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2124a 5e-37 -56.6 ((((..((((((((((.((((((...(((((((((((.....((((((.(((...((.(((((((((((...))))))......((((.((((..........)))).)))).))))).)).))).)))))).))))))(((((((((((.((.((..(((((.((.........(((((....................)))))......)).)))))..)))))))))).((((((.....)))))).(((((((((((..((((((......(((...........))).....))))))..))(((..(((.............)))...))).))))))))).)))))..)))))...)))))).)))))).)))).)))) (-56.6)