mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTATGGAACGGAGGGAGTA CTTCCTCCGTTTCTAAATATA ATATATATAGTACTTCCTCCGTTTCTAAATATAAGTCTTTTAAGCGATTTCTCTAAAGGACTACATACAAAGCAAAATGAGTGAATCTACACTCTAAAGTATGTCTATATACATCCGTATGTAGTCCTCTAGTGGAATCTCTAAAAAGACTTATATTATGGAACGGAGGGAGTAAACACAGTG GGCTGCAGGACACACAAGCGACTTATTTCCTTCAACAATATGGCTCTCCTCAACAACTTGGCCGCGTACCTGTGCGTGATCCTGGCCTCGCTCGCCTTCGTGGCGCAGGGCGCGCTCGCAGCCAGAGGTATCATCATCAACTCGCCTCTTCCTCGTGTCTAAAATTAGTAAGTGTAACTTATAATCTGACTGTTGGTGAACCTACAGCAGGTGCTTTGAGCAACGTGAGGGGGTACACGGTTAAGGACCCGCGCGGTGGTGGTGGTTATGGGAATGGGTATCCTCCATGATAGGCCGGACATGATGATACTTGGAGCACGGAAATACTACAAATAAGTCCGCGTACCATGAATAAATTTGCACACGTTGCCGATATATATAGTACTTCCTCCGTTTCTAAATATAAGTCTTTTAAGCGATTTCTCTAAAGGACTACATACAAAGCAAAATGAGTGAATCTACACTCTAAAGTATGTCTATATACATCCGTATGTAGTCCTCTAGTGGAATCTCTAAAAAGACTTATATTATGGAACGGAGGGAGTAAACACAGTGATGCGCG 2 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-50 tae-MIR1122 8e-34 -68.3 ..........(((((((((((((((..((((((((((((((.((.((((((.(((.((((((((((((...((.....(((((......)))))....))((((......))))..)))))))))))).))).)))))).)).))))))))))))))..)))))))))))))))......... (-68.3)