mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGCAAAGTTTCAGGTGTGT GCGCCTGGAACTTTCGTCTCAGC GGAAGAAGGCCTTTTGCCTGGCGCCTGGAACTTTCGTCTCAGCCTTAGATTTTGACAAGGTGAGCAAAGTTTCAGGTGTGTCGGCGAACAGGCAATAT TACAATTTGAATATTTGTCGTCAATGCATGTGTATTAATGTGAACAGCTTTTTTGATTTTATTCACTAGGATGATGTTCCTCAGTTGCGTGATTTTCAATTTGCTCAACAGATGGATTGCATGTTGCCGTGTGTGTGGAAAATTGATCCTGCTTTCGGCTTGAGGTCGATAAGCGAGACTGGAATGAATGAGCAATTGAAACGTTTTCAAAAACTTGCTAATGCAAGCGAGAAGAGAGAAGTTGATATTATTCGACCAGAATGTATTTATTGCTGTTATTTGGAAGAAGGCCTTTTGCCTGGCGCCTGGAACTTTCGTCTCAGCCTTAGATTTTGACAAGGTGAGCAAAGTTTCAGGTGTGTCGGCGAACAGGCAATATCGACTTAGAAAGAAAATCTTCGTGTCATGCTCATTCGTTTGCTTATTGGTAAGATGAAACTCAACTGTCGTCTGTTGTGTTGTTGTCGTTGTTGCTGTTTGCCCAATACTGTCCTTATGCTCTGGCGATCAGTTGTCAAGATCTTTTTTGT 2 2 3' arm Trichinella_spiralis mirnest mir-87 9e-45 aae-mir-87 0.00000002 -36.3 ........((((((((((..((((((((((((((.(.((((.((((..........)))))))))))))))))))))))...)))))).))))..... (-36.3)